复旦大学微电子研究院是在国家教育部、国家计委、上海市政府的关怀下，经上海市计委批准，于2002年正式成立并落户于复旦大学浦东张江校区，是我国特别是上海地区微电子人才培养和微电子技术研发的重要基地之一。
研究院依托于复旦大学“微电子学与固体电子学” 学科几十年的深厚积累，有雄厚的技术和学术优势，是国家重点学科、“211工程”建设学科、复旦大学“985工程、重中之重”建设学科，其所在一级学科具有博士学位授予权和博士后流动站。1992年建立了全国唯一的“专用集成电路和系统国家重点实验室(复旦大学)”，具备国际一流的软硬件设计环境。 2003年被批准成为国家首批9个“国家集成电路人才培养基地”之一。2004年启动教育部“985”二期项目，建设—复旦大学微纳电子科学技术创新平台，集微纳电子科学前沿研究、集成电路关键技术综合开发、相关人才培养为一体。
经过几十年的努力，复旦大学在SOC设计，集成电路计算机辅助设计，半导体新工艺，新材料、新器件、微电子机械系统等研究领域取得了丰硕成果并形成了一支有丰富经验的教学、科研队伍。定位面向国家重大战略需求，应用研究达到国内领先水平;瞄准国际前沿科学问题，创新研究达到国际先进水平。
研究院的运作以市场需求和提高国际竞争力为导向，走国际合作办学和与工业界紧密结合的道路。与数所世界著名高校联合办学，培养国际化人才。与国内外知名企业建立联合实验室与研发中心，使科研与应用紧密地结合，同时通过企业捐赠、经费支持等方式创造了先进的软硬件科研环境，极大地提高了开发能力和科研水平。
研究院的发展目标是在微电子领域的学术研究、人才培养和应用技术等方面达到国际先进水平，为未来10年我国从集成电路应用大国过渡到集成电路技术强国作出重大贡献。