中国农业科学院研究生院成立于1979年，1981年经国务院批准，成为我国首批博士学位与硕士学位授予单位。
中国农业科学院研究生教育以其分布在全国17个省(市、自治区)的39个研究所为依托，坚持“立足科研、质量为本、科教兴农”的办学理念，以“院所结合、两段式培养”为特色(研究生院统一组织招生、授课和学位授予，课程学习期间由研究生院实行全方位管理;课程结束后跟随导师进入研究所开展课题研究，直到完成毕业论文，在所期间，研究生主要由各专业研究所负责管理，研究生院进行辅助管理。)，经过30多年的探索和发展，现已形成包括硕士、博士、留学生和专业学位教育在内的多层次、多类型的人才培养体系。目前，在读研究生总数4300余人，其中，普通全日制在读研究生2700余人。已毕业研究生5600余人，为我国农业科技和经济建设做出了重要贡献。
中国农业科学院是国家级综合性农业科研机构，担负着全国农业重大基础与应用基础，应用研究和高新技术研究的任务。全院建有2个国家重大科学工程，6个国家重点实验室，32个农业部重点开放实验室，52个中国农业科学院重点开放实验室;16个国家农作物、畜禽改良中心，1个分中心;5个国家重点野外科学观测试验站，24个农业部野外台站;5个国家工程技术研究中心，5个国家工程实验室和工程研究中心;3个国家质检中心， 35个部级质检中心;1座国家农作物种质资源长期库，10座中期库，12座国家农作物圃;1座馆藏文献210万余册，33万余种的国家农业图书馆，建有数据量80G以上的大型农业科学数据库。农科院建院五十年来获奖成果2495项，其中国家级成果奖273项;“十五”和“十一五”科研经费总计43.4亿元。中国农科院研究生教育依托全院资源办学，优良的科研设施设备、大量的前沿课题项目、充足的科研经费、丰富的图书文献资源，一流的导师队伍及广泛的国际合作交流等，为研究生开展学术研究、参与课题实践、锻炼创新能力提供了强大的科研支撑。
中国农业科学院研究生院现有两院院士11人，导师1144人，其中博士生导师418人。导师队伍中，有在职国家级专家24人，省、部级专家220人，政府特殊津贴专家964人，国家“百千万人才工程”人选44人，高级专业技术职务人员2217人。任课教师350余人，其中近70%教师为我院导师，30%聘请周边高校知名教授、专家和学者授课。
中国农科院研究生教育学科专业围绕农科院八大学科集群建设，优化研究生教育学科体系，现有学科涉及农学、理学、工学、管理学4大门类，涵盖了17个一级学科，其中有作物学、园艺学、农业资源与环境、植物保护、畜牧学、兽医学、草学、生态学、农林经济管理和生物学10个博士学位一级学科学位授权点、53个二级学科博士学位授权点;12个硕士学位一级学科学位授权点，65个二级学科硕士学位授权点;另外还有2个专业学位授权资格。
中国农业科学院研究生教育密切关注国际教育发展及科技前沿，积极开展国际合作，已与世界上60多个国家或地区的农业科研机构、大专院校建立了多种形式的双边交流与合作关系，与意大利、加拿大、荷兰等国家有关大学开展了合作培养博士研究生项目。研究生院2007年被教育部列为指定接受获得中国政府奖学金来华留学生院校，2008年首批招收外国留学生11人，目前在校留学生130余人，我院研究生教育迈入国际化进程。
中国农业科学院研究生院1999年被教育部和国务院学位委员会授予“全国学位与研究生教育管理先进集体”称号，2008年获“北京市学位与研究生教育管理先进集体”。有4篇博士学位论文荣登“全国百篇优秀博士学位论文”，6篇获提名，2篇获“北京市优秀博士学位论文”。2002年以来，研究生院以农学门类第一名连续荣膺“中国一流研究生院”，在全国研究生院综合竞争力排名中进入前三十强。
作为中国农业科学院长远发展战略“高层次人才培养基地”的主力军，研究生院将秉承“明德格物，博学笃行”院训，追求 “高层次、研究型、国际化、有特色”的办学目标，努力把研究生院建设成为国内一流、国际知名的培养和造就高层次农业科技人才的重要基地。