合肥工业大学制药工程专业创办于1997年，为国内最早一批招收本科制药工程专业的高校。现为国家级特色专业，并以“三药合一”的大制药工程为特色。本专业培养具有化学、医药学和工程学基础知识、具备能够解决制药工程实际问题能力的高级技术人才，符合制药工业企业、工业设计与研究部门要求的生产工艺工程师和工程设计工程师，及新产品、新技术研发所需的高级工程技术人员。
该专业主要课程包括：药学微生物、医药学基础、药物化学、药物合成反应、天然药物化学、药事管理学、药剂学、发酵工艺原理、药用高分子材料、专业英语、制药工程原理与设备、制药工艺学、药物制剂工程技术与设备等。
毕业生可以从事药品生产、GMP工程设计、新药研制、生产技术与企业管理、药品监督管理、药品质量检验、医药营销等方面工作，或攻读更高的学位。本专业融合了化学、药学、化学工程与技术、生物工程与技术等领域的知识，毕业生适应面广，能力强，并具有良好的创新意识，深受用人单位的欢迎，近年来本专业毕业生一次就业率近100%。