自动化学院的历史可追溯到1953年“哈军工”时期，它是在“哈军工”时期的“海道测量”和“船电”两个专业的基础上发展壮大起来的。自动化学院是我校教学和科研的支柱骨干单位之一，设有“自动化”、“测控技术与仪器”、“电气工程及其自动化”、“探测制导与控制技术”、“生物医学工程”5个本科专业，具有“控制理论与控制工程”、“导航、制导与控制”、“模式识别与智能系统”、“检测技术与自动化装置”、“电力电子与电力传动”、“电力系统及其自动化”、“精密仪器及机械”、“生物医学工程”、“机械电子工程”9个硕士学位授予权，具有“控制理论与控制工程”、“导航、制导与控制”、“精密仪器及机械”3个博士学位授予权，具有一级学科“控制科学与工程”博士后科研流动站、2001年“导航、制导与控制”学科被评为国家级重点学科。在国家“十五”“211工程”部门预审和立项中，“控制理论与控制工程”、“导航、制导与控制”两学科被列为重点建设学科，投资建设经费达2300万元，目标是达到国际先进水平。
该学院现有教师136人，教授和研究员32人(其中博士生导师19人)，副教授和高级工程师39人。有40%的教师曾赴美国、德国、加拿大、英国、瑞典、日本等国家学习、进修或合作研究。
该学院具有雄厚的科研实力和科研特色。近年来，获国家级科技奖12项，省部级奖50多项。其中舰船减摇控制技术、微机组合导航技术达到国际先进水平，处于国内领先水平。在国内外刊物及学术会议上发表学术论文600余篇，其中国际学术刊物或会议论文70余篇，国家级学术刊物250余篇，出版学术著作50余部。
该学院已为国家培养本科生3100余人，研究生485人，其中绝大部分已成为国家经济建设、国防建设、科学研究和高等教育等方面的骨干。目前在该学院就读的本科生有1972人，硕士研究生305人，博士研究生134人，博士后研究人员11人。
该学院的学生除可获得学校奖学金及“特困生资助金”外，学院还设立了多种鼓励学生学习的奖励基金。学生学习风气浓厚，每年有约40%的学生保送或考取硕士研究生。1998年以来，该学院已有11名本科生被派往日本学习。