吉首大学医学院于2000年9月8日组建。1978年原湖南医学院湘西分院并入吉首大学组建医疗系，1958年创办的吉首卫生学校于2000年9月并入吉首大学，与医疗系合并组建吉首大学医学院。医学院组建以后，在学校党委行政的正确领导下，学院坚持以教育教学为中心，本着“以学科建设为龙头，以专业建设为基础，以课程建设为核心，以队伍建设为重点，以条件建设为保障”的工作思路，坚持以质量求生存，以改革为动力，以特色树形象，以上层次、上水平为目标。强化师资队伍建设，组建学科队伍，提升教师教学与科研水平，加快办学条件的改善，提高办学层次，办学实力不断增强，教学科研水平不断提升。2012年荣膺第一批卓越医生教育培养计划试点高校。
学院已建成一支结构合理、素质较高、敬业精神强的教师队伍。在专任教师队伍中，其中教授12人(含4名特聘教授)，副教授37人，博士与硕士38人，同时还聘请了中科院院士陆士新等8名知名医学专家为学院兼职教授和客座教授。学院目前拥有生物化学与分子生物学(医学方向)、运动人体科学(医学方向)2个二级学科硕士点，开设有临床医学、护理学、针灸推拿学、医学影像技术4个全日制本科专业，护理学和针灸推拿学2个全日制专科专业，其中针灸推拿学专业具有留学生招生权。学生面向全国15个省(市)招生，在校学生数2700余人。
学院建有基础医学实验室和临床技能实践教学中心，均为中央与地方共建实验室，基础医学实验室于2007年顺利通过了省教育厅的合格评估，临床技能实践教学中心于2012年通过了省级实践教学示范中心评估，实验室总面积近8000平方米，拥有教学仪器设备1400万元。医学研究所承担着全校的医学科研工作，并为湘、鄂、渝、黔四省市边区提供医药科研的服务平台。学院还建有刘氏小儿推拿生物信息实验室—国家二级实验室建设单位和刘氏学术体系研究室—湖南省中医药管理局重点研究室建设单位。学校现有附属医院2所，教学医院4所，实习医院16所，为医学生理论教学和实践教学提供了有力保障。
学院教师积极投入教学改革和科学研究，近年来共承担包括国家自然科学基金、国家社科基金在内的各级科研课题140余项，拥有在研科研经费400多万元，发表学术论文800余篇，出版专著及编写教材50余部，获得各类省、州、和校级成果奖40余项。一批教师担任着全国及全省各类学术要职。学院注重学生专业知识的学习和综合素质的培养，尤其注重基本操作技能的实训和专业实践能力的培养，毕业生以其专业知识扎实、工作能力强、作风朴实而深受用人单位的欢迎。