针对部分教育界人士对“研究生收费新制度可能不利于寒门学子”的担心，教育部有关负责人表示，新的政策措施实施后，研究生所获资助总体上超过其应缴纳的学费，资助水平得到提高，从制度上根本保证研究生不因经济困难而失学。
在实行收费制度、健全成本分担机制的同时，这次改革更加注重财政拨款制度和奖助政策体系的完善。新的政策措施实施后，研究生所获资助总体上超过其应缴纳的学费，资助水平得到提高。为确保研究生特别是家庭经济困难研究生入学后能够顺利完成学业，《意见》提出了六种主要资助渠道：
一是研究生国家助学金。从2014年秋季学期起，凡是国家招生计划内的所有全日制研究生，都可享受国家助学金。博士生资助标准不低于每生每年1万元，硕士生资助标准不低于每生每年6000元，可以满足基本生活费的需求。
二是研究生国家奖学金。从2012年秋季学期起，中央财政就已经设立了研究生国家奖学金。每年奖励4.5万名高校研究生，其中：博士生1万名，每生每年3万元;硕士生3.5万名，每生每年2万元。
三是研究生学业奖学金。从2014年秋季学期起，还将设立研究生学业奖学金，用于奖励支持研究生更好地完成学业。高等学校根据研究生学业成绩、科研成果、社会服务以及家庭经济状况等因素，确定研究生学业奖学金的覆盖面、等级、具体标准和评定办法，并负责组织实施。总体上，博士研究生学业奖学金的标准要高于硕士研究生。学业奖学金所需资金由各级财政给予支持;高校要按规定统筹利用财政资金、学费收入、社会捐助等资金，加大奖助力度。
四是“三助”(研究生助教、助研和助管岗位)津贴资助。由高等学校按规定统筹利用科研经费、学费收入、社会捐助等资金，设置研究生“三助”岗位，并提供“三助”津贴。
五是研究生国家助学贷款。研究生国家助学贷款年度最高限额进一步提高，原则上不超过年度学费和住宿费标准总和。凡是符合条件的研究生都可以申请并及时获得国家助学贷款，可享受国家助学贷款贴息和风险补偿金。到基层和艰苦边远地区工作以及应征入伍服义务兵役研究生还可以享受学费补偿和国家助学贷款代偿政策。
六是其他资助。除可以享受以上奖助政策外，家庭经济困难研究生还可以通过减免学费、发放特殊困难补助、开辟入学“绿色通道”以及企业、社会团体和个人面向高等学校设立的研究生奖助学金、专题研究项目，或提供的实践实习岗位、就职锻炼机会等方式得到资助。
因此，完善研究生教育投入机制各项新政策措施实施后，研究生的待遇和资助水平总体上将大幅提高，从制度上根本保证家庭经济困难研究生不因家庭经济困难而失学，将有力促进教育公平。