南京农业大学图书馆是由原金陵大学图书馆、中央大学图书馆(解放后南京大学图书馆)的部份人员和书刊合并建设而成。图书馆实行总馆分馆制，总馆(卫岗校区图书馆)下设浦口分馆(浦口区点将台路40 号)、社科分馆(逸夫楼5079、6003室)、畜牧兽医分馆(逸夫楼2032～2034室)、农业遗产分馆(逸夫楼6011室)。总建筑面积3.1万平方米。设有普通阅览座位3350席，电子阅览座位728席，有线网络信息点近6000个。现有藏书208万册，电子图书65万册，电子西文期刊12000 种，电子中文期刊16200种;员工118人。每周开放94小时，年接待读者近265万人次，年纸本流通总量超过100万册。
学校中心馆设有办公室、读者服务部、文献资源建设部、发展研究部、参考咨询部、网络运营部、用户服务部、信息应用部、教育技术部。
图书馆是学校的文献信息中心、校园信息化中心、现代教育技术中心;是教育部、教育部教育管理信息中心教育信息化理事会副理事长单位，中国教育技术协会常务理事单位、中国农学会农业图书馆分会副理事长单位，是华东地区农林院校信息中心、江苏高校农学文献中心，是教育部查新检索单位。图书馆是江苏省高等院校教育技术研究会常务理事单位，江苏省高等院校教育技术培训基地，江苏省党员干部远程教育培训基地。
图书与信息中心，负责全校校园信息化的规划、建设、管理与服务工作。图书馆常年开展书刊借阅、电子阅览、电子书刊借阅、自助打印复印、书目信息查询、读者信息查询、读者培训、参考咨询、科技查新、文献传递、重点学科导航、校园网接入与管理、校园网和图书馆网站建设、教学视频资源库建设与管理、电视教学片摄制、多媒体课件制作等服务工作。
图书馆与南京航空航天大学图书馆、南京理工大学图书馆、南京林业大学图书馆、南京体育学院图书馆共同建设成立了南京城东高校图书馆联合体，通过统一的图书资源检索平台，实现了纸本图书通借通还，电子图书共知共享。图书流通采用汇文文献信息服务系统，并与校园一卡通系统接轨。读者可使用校园卡在馆内通过门禁、接受服务、自助缴费、自助充值等。图书馆局域网采用主干万兆与CERNET联接，普通阅览座位及休闲区可携机上网。