计算数学硕士点于1986年获得硕士学位授权，计算数学硕士点于2006年获得博士学位授权。计算数学是原江苏省教委重点学科。
研究生开设的主要课程有：泛函分析、矩阵计算、力学中的数学方法、高等数值分析、偏微分方程数值解、有限元方法数学理论、偏微分方程、连续介质力学、矩阵迭代分析、最优化理论与方法、非线性方程组迭代解、广义逆矩阵引论、并行计算、区域分解与多重网格、多尺度分析与多尺度算法、边界元方法的数学理论、辛几何算法、代数—微分方程、变分不等式与互补问题等。主要研究方向：最优化理论与方法、数值代数、偏微分方程数值解，等。研究的特色主要体现如下方面：(i) 围绕科学与工程计算中的前沿问题进行研究，饶有建树;(ii) 注重科学与学与工程计算中大规模计算的理论性研究，形成了一些原创性理论;(iii) 研究科学与学与工程计算中的高性能算法，并取得了一系列有影响的研究成果。2000年以来承担省部级以上科研项目30余项，其中国家自然科学基金10余项，国家973项目的子项目4项，等等。每年发表高水平论文40余篇，一半以上为学术榜论文。“科学工程计算中高性能算法的研究”2006年获得了江苏省科技进步二等奖。
本学位点教授6人，副教授7人，拥有博士学位者10人。博士生导师主要有宋永忠、孙文瑜、陈金如、杜其奎、朱庆保等5人，硕士生导师主要有宋永忠、孙文瑜、陈金如、杜其奎、朱庆保、王雨顺、张志跃、王丽、陈新、韩德仁等10人。是一支实力雄厚、结构合理，团结协作、思想活跃的高水平队伍。近几年来这支队伍一直活跃在计算数学主要研究方向的前沿，如在大规模优化的理论与算法、数值并行算法、复合材料的多尺度算法、电磁场的分析与数值模拟、发展方程的自然边界归化与边界元方法等方面，取得了一些高水平成果，受到国内外同行及专家学者的关注。
宋永忠教授为国家“百千万工程”第一、二层次培养对象，江苏省“333工程”第二层次培养对象，江苏省跨世纪学术带头人培养人选，江苏省有突出贡献的中青年专家，江苏省优秀科技工作者，江苏省优秀研究生导师，《高等学校计算数学学报》编委，并与德国卡尔斯鲁厄大学和洪堡大学建立了稳定的合作研究和定期互访学术交流关系，在国内外具有一定的影响。孙文瑜教授先后被聘为澳大利亚新南威尔士大学、墨尔本大学，加拿大Leakhead大学，巴西巴拉那联邦大学、巴西利亚国立大学、巴西天主教大学，新加坡国立大学等大学客座教授。陈金如教授师从复旦大学李立康教授获博士学位，在中科院计算数学所与崔俊芝院士合作完成博士后研究工作，曾参加国家“973”“大规模科学计算研究”项目，为江苏省学术带头人培养人选。杜其奎教授师从中科院计算数学所余德浩教授获博士学位，在发展方程的自然边界归化与边界元方法等方面取得丰富成果，拓广了自然边界方法的应用领域。
利用“211工程”建设的契机，在原有的科学与工程计算实验室的基础上，进一步提升了实验室的配置，建成了可扩充的24结点的集群式并行计算实验室，为大规模科学工程计算提供了强有力的实验条件。
计算数学专业研究生培养的目标是：掌握本学科坚实的基础理论、系统的专业知识，掌握相应的技能、方法和相关知识，具有独立的从事本专业实际工作和科学研究工作的能力，具有创新和创业精神。毕业生可在科研院所、大专院校、经济部门和公司企业从事信息与计算机科学的研究、教学、应用软件设计开发和经营管理工作。