南京理工大学计算机系始建于1979年，现为信息学院下设立的独立单位。该系师资力量雄厚，拥有一支结构合理、年富力强、学术思想活跃、综合素质好的优秀学术队伍，现有教职员工69人，其中博士生导师5人，教授10人，副教授21人。计算机系拥有3个本科专业，4个硕士点，2个博士点，1个博士后流动站。本科专业有计算机科学与技术、通信工程、软件工程;硕士点有模式识别与智能系统、计算机应用技术、计算机软件与理论、生物医学工程(跨学科)，博士点有计算机应用技术、模式识别与智能系统;博士后流动站是模式识别与智能系统。目前在校本科生1502人，硕士、博士及博士后人员近500人。计算机系分别设有计算机科学与技术教研室、模式识别与人工智能研究室、计算机网络教研室和计算机系中心实验室，具备一流的教学科研配套设施。
计算机科学与技术学科一直是学校的重点支持的学科，整个学科点和学科梯队的学历、年龄结构合理，在人工智能、计算机软件、计算机应用、网络与分布系统等学科均有自己的研究特色。目前计算机系拥有一个国家级重点学科(模式识别与智能系统)，一个江苏省重点学科(计算机应用)。十五期间，学科建设重点投资经费将达2200万元。该系先后承担了国家自然基金项目、863高科技发展项目、国防科工委重点攻关项目及省级重点项目多项，在十五期间在研经费达 3300万元，学校在九五期间对系实验室设备投资800万元。计算机学科的五位博士生导师(杨静宇、吴慧中、刘凤玉、孙亚民、夏德深)，都是多次获省、部级科技进步奖的知名教授，他们在各自的研究领域内成绩突出，在智能机器人、图像处理、数据融合、计算机仿真等领域有深厚的造诣。特别是博士生导师杨静宇教授，他是模式识别与人工智能领域的著名专家学者，在国内外有广泛影响。
计算机系在本科生教育管理方面一直名列学校前茅。在长期的教育管理和制度建设中，计算机系坚持用刻苦勤奋的精神教育学生，以争先创优来激励学生，逐步实现学生教育管理的科学化，长期以来计算机系保持了以学为主的良好学风，形成了计算机系管理严格、学风优良、学习领先的特色。从九五年以来，计算机系在南京理工大学基本上囊括了包括全国大学英语四级统考，校数学、物理、英语等学科竞赛的所有第一名。特别值得一提的是计算机系990611班的陈瑜同学在全国英语六级统考中获得了满分的佳绩。在注重学生课堂学习的同时，计算机系尤其重视学生创新能力和实践动手能力的培养，引导、组织学生广泛参加与本专业密切相关的科技发明和科技创新活动，计算机系多次在全国挑战杯、江苏省的电脑网络竞赛等科技竞赛中获奖。
计算机系也注意加强对外交流，每年都举办多次国内外高层次学者的学术交流，并与国内多家大型企业建立了良好的协作关系。目前有两家公司在计算机系设立奖学金，即南京联创系统集成公司设立的联创奖学金和南京瑞康资讯有限公司设立的瑞康奖学金。计算机系现所发放的奖学金除上述两项和优秀学生奖学金之外，还有海外学子奖学金。