历史地理学是现代地理学的重要组成部分，是一门学术含量高、与现实关系密切的地理学分支。北京大学是中国现代地理学的摇篮，在老一辈的学者，特别是侯仁之院士的努力与开拓下，取得了学科建设与发展的重大成就，在国内外产生重大影响。历史地理是中国品牌学科，代表中国历史与地域的特色，中国历史地理的丰富内容在世界上具有优越地位。北大历史地理研究注重历史上城市的发展建设、规划传统、地域特征等问题，总结我国城市发展的民族特色，并与今天的旧城改造、城市规划、城市区域管理相结合，为今天的建设事业服务。几十年来，在侯仁之院士的带动与指导下，配合北京城市的新城建设、旧城改造工作进行了大量研究，做出重要贡献。北大历史地理研究是国内率先以历史地理学的角度，以多学科合作的方式，注重人-地关系问题，而开拓北方地区环境演变史研究。二十世纪六十年代初，国家大规模治沙工程启动，北大以侯仁之为首的历史地理学者深入毛乌素、乌兰布和等沙漠半干旱地带，细致考察沙海之中掩藏的人类活动遗迹，首次揭示了历史上人类活动对该地区沙漠化形成的影响规律，从而开创了沙漠历史地理研究的新领域。八十年代以来，环境问题日益为全社会所注重，侯仁之率先强调历史地理学在环境问题研究上的重要作用，指出历史地理学的研究时段可以从全新世早期开始，考察人类活动对自然环境影响的全过程，从而总结规律，为今后的环境保护提供更充分的历史依据。目前，环境变迁研究已成为我国历史地理学界十分重要的研究领域，而我国的环境变迁研究，也是全球变化研究的重要组成部分。
目前，在文明起源环境机制、原始农业形态、历史聚落分布、农牧业转换机制、北方历史人口特征、半干旱地带城市发展、旅游资源评估等问题的研究中，北大历史地理研究中心均获得重要研究成果。长期以来，北京大学历史地理专业注重理论联系实际，提倡古为今用，努力为现实社会发展服务，在不少问题的研究上均处于国内的领先地位，向教学科研部门、政府管理部门输送了许多人才，不少人已成为业务骨干。北大历史地理专业的毕业研究生，在国内相关学术领域分布最广，许多人已经成为一方的领先学者，在国内历史地理学的发展上带动面最大。
北京大学历史地理研究所设有硕士点、博士点、博士后流动站。现有院士一名、博士生导师3名、副教授3名。