计算机科学系简称计算机系，成立于1986年1月，同年招收计算机应用专业本科学生，次年招收教育技术学专业计算机图形学方向硕士研究生。1990年华南师范大学与广东省邮电管理局共同联办华南师范大学通信学院，计算机系同时成立该学院下属的计算机通信系，并于同年9月对外招收本、专学生。
计算机系目前有计算机软件与理论专业和计算机应用技术专业硕士点2个;有计算机科学教育、计算机科学与技术、软件工程、网络工程本科专业4个;有计算机通信、网络与信息系统工程、计算机应用大学专科专业3个。2001年计算机科学与技术专业被评为广东省首批IT技术名牌专业
2003年计算机系在职教职工71人，退休教工22人。在职教工中专职教师45人(其中教授5人、副教授14人、讲师17人、助教9人);教辅人员12人(其中副高6人、中级4人、初级1人、技术工人1人);行政人员7人(其中处级1人、正科1人、副科2人、技术工人3人);专职党务人员7人(其中正处级 2人、副处级1人、科级2人、副科1人、科员1人)。教师队伍学历结构为：博士后2人，博士3人。硕士26人，在职攻读博士学位3人。
计算机系设置5个教研室：计算机软件与理论、计算机应用、计算机系统结构、计算机网络与通信、信息系统工程;1个实验中心：下设网络中心、创新实验室、软件实验室、硬件实验室(含电路与模拟电子线路、数字电路、计算机组成原理、微机原理与接口等4个实验室)，正在筹建单片机、嵌入式系统、EDA等3个实验室;2个研究所：计算机科学与工程研究所、电子技术研究所;2个研究、咨询中心：空间信息技术与应用研究中心、计算机知识产权保护咨询中心;1个党校：中共华南师范大学计算机科学系党总支委员会党校。管理服务机构设有系办公室、继续教育办公室、资料室和学生工作室。
计算机系承办的《电脑》杂志(月刊)，是一种发行量较大的电脑普及读物。
2003年计算机系在校计划内硕士研究生61人，本科生1026人，成人教育类303人，研究生班44人，澳门学位班28人，其它形式(自考等)392人。2003年毕业硕士研究生9人，研究生班19人，本科生224人，专科生124人，成人类学生160人。
2003年计算机系教工在国内外刊物发表论文81篇，其中1篇被SCI收录，2篇被ISTP收录;主编(主审)参编大、中、小学教材6本;其它编著、译著3本;在研国家自然科学基金项目1项、国家863计划项目1项、省部级及其他项目6项。
2003年计算机系学科建设取得长足发展：新增计算机应用硕士点1个，网络工程本科专业1个，批准成立空间技术研究中心，成功举办了华南地区首届计算机硬件教学改革研讨会。
计算机系注重学生学风建设及创新能力的培养，2003年建立学生党员先锋模范作用示范点，以学生党员的先锋模范作用带动和影响学生，大力推动了系风和学风建设。成功举办第四届‘校园杯’软件设计大赛、华南师范大学首届ACM程序设计大赛。参加国际、国家和省级各种竞赛，荣获2003年美国大学生数模竞赛各种奖项5人、2003年全国大学生数模竞赛各种奖项6人、2003年全国大学生英语竞赛各种奖项7人、第八届全国挑战杯大学生课外科技学术作品竞赛各种奖项5人、其他各种省级竞赛获奖8人。