据教育部、财政部等有关文件要求，2014级秋季学期入学的硕士研究生均须缴纳学费。非定向就业全日制学术型硕士研究生的学费标准每生每年不超过8000元，定向就业学术型硕士研究生按相关规定缴纳学费；非定向就业和定向就业全日制专业学位硕士研究生按相关规定缴纳学费。具体收费标准按广东省物价部门批复执行。
华南理工大学对新入学的优秀硕士研究生，设立“新生奖学金”，标准为10000元/人。对全日制硕士研究生设立“国家助学金”，每年不低于6000元/人；同时按一定比例设立“学业奖学金”，最高额度达12000元/年。在硕士研究生中，教育部设有“国家奖学金”，额度20000元/人。此外，学校还设有各类企业捐赠奖助学金，研究生可以通过申请“助教、助研、研管”岗位获得更多资助。