山东农业大学学位与研究生教育始于1954年，1978年成为国务院学位委员会批准的首批硕士学位授权单位，1986年开始招收博士研究生。1995年，被批准建立山东省省属高校首家博士后科研流动站。
学校拥有10个博士后科研流动站，9个一级学科博士点、49个二级学科博士点，21个一级学科硕士点、98个硕士点，6个硕士专业学位授权点，其中工程硕士培养领域6个。博士生教育涵盖理、工、农、管理四大学科门类，硕士生教育涵盖经济、法、文、理、工、农、管理七大学科门类。形成了多学科多元化高层次人才培养体系。
学校现有1个国家重点实验室、2个国家重点学科、1个国家工程技术研究中心，2个农业部重点学科、2个农业部重点开放实验室、1个农业部综合性重点实验室、1个农业部农业科学观测实验站，16个省级重点学科、13个省级重点实验室，1个国家小麦改良分中心、1个农业部谷物品质检测中心、1个国家森林生态系统定位研究站、1个黄淮海区域玉米技术创新中心、11个省级工程技术研究中心。良好的研究平台和科研条件为研究生培养提供了有力支撑。
学校在扩大研究生招生规模的同时，更加注重强化制度建设，规范培养过程，提高培养质量。研究生招生人数由2005年的571人增加到现在920人，研究生在校规模由2005年的2035人发展到现在的3006人。研究生已成为我校科研工作的生力军。学校获得的多项成果和专利中，研究生作为主要研究力量做出了积极的贡献。
经全校共同努力，学校学位与研究生教育无论是学科结构、学生规模还是人才培养质量都得到长足发展，初步建立了与经济、社会发展相适应的学位与研究生教育体系，培养了大批社会急需的高层次人才，为提升学校办学水平、建设高水平大学、实现学校全面协调可持续发展做出了积极贡献。