农学专业
本专业是山东农业大学设置最早的传统优势骨干专业之一，是山东省重点专业，以国家重点学科、省部级重点开放实验室和作物学一级学科博士点、博士后科研工作流动站为依托，将农学与现代生物技术和信息技术紧密结合，培养具有坚实的现代生物科学基础，掌握作物生长发育与遗传规律、现代生物技术、作物生产技术、信息与管理、作物育种和良种繁育、农产品质量监控与标准化生产技术、农业资源开发利用的基础理论、基本知识、基本技能，能够适应作物生产产业化开发、农业经营与管理、教学与科研等工作的应用型、复合型高级专门人才。
植物科学与技术专业
本专业以农学、园艺两个国家重点学科、多个省部级重点开放实验室和作物学、园艺学等一级学科博士点、博士后流动站为依托，把植物科学与现代生物技术和信息技术紧密结合，培养具有坚实的生物科学及相关学科基础理论知识，掌握植物生长发育规律、现代生物技术及植物遗传改良、植物资源利用、植物生产及其调控、植物产品加工、生态环境、植物保护等基本理论、基本知识和基本技能，能够从事植物科学及与植物生产有关的技术与设计、生产与开发、经营与管理、教学与科研等工作的应用型、复合型高级科学技术人才。
种子科学与工程专业
本专业是面向种子产业化的一个广口径专业，它涉及农作物种子、蔬菜种子、林果种子及种苗，在种子基础理论方面涵盖了所有植物种子。培养具备种子科学与工程技术等方面的基本理论、基本知识和基本技能，适应市场经济要求，能在种子科学与工程技术的相关部门或单位从事教学与科研、技术与设计、推广与开发、经营与管理等工作的应用型、复合型高级专门人才。
中药资源与开发专业
本专业培养具有中药学、农学、生物学和化学等基础理论、基本知识和基本技能，掌握中药资源调查、中药材生产与加工、中药材鉴定、中药化学、药物研发、中药经营与管理等知识和技能，能够在中药和农业管理部门、中药生产和经营企业、教育和科研机构、卫生与医疗单位等从事管理、技术推广、研究开发、生产经营和教学科研等方面工作的应用型、复合型高级专门人才。
植物保护专业
本专业依托植物保护一级学科博士点、博士后科研流动工作站和植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学、森林保护四个硕士点，培养具有坚实的生物学、生态学基础知识，掌握植物保护、植物检疫和农药学理论知识与技能，能从事有关植物保护、环境生物、生物资源保护与利用等方面的教学、科研、技术创新与推广应用、科技成果转化等工作，以及烟草生产、森林保护、出入境检验检疫、农产品安全生产与检测等工作的复合型人才。
制药工程专业(农药方向)
本专业依托植物保护一级学科博士点、博士后科研流动工作站和植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学、森林保护四个硕士点，培养具有坚实的化学和生物科学基础知识与基本技能，掌握农药学和植物保护学的理论知识与技能，能够从事与制药工程有关的农药合成、农药制剂加工、制剂分析、农药制剂管理、农药制剂研发、药物残留分析、经营管理及推广应用等领域工作的宽口径、复合型高级工程技术人才。
动植物检疫专业(植检方向)
本专业依托植物保护一级学科博士点、博士后科研流动工作站和植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学、森林保护学四个硕士点，培养从事出入境植物检疫和国内植物检疫、生物入侵预警与控制、有害生物综合治理、生物资源保护和可持续利用等方面的高级复合型人才。
烟草专业
本专业培养具有坚实的生物学和经济学基础，掌握现代烟草生产科学、烟草市场经济学和企业管理学等方面的基本理论、基本知识和基本技能;熟悉国际、国内烟草有关政策和法规。毕业后能在烟草及相关部门或单位从事烟草生产技术指导、教学科研、技术开发、烟草企业经营管理、烟草商品贸易等工作的应用型、复合型高级专门人才。
园艺专业
本专业培养具备生物学和园艺学的基本理论、基本知识和基本技能，能在农业院校、科研院所、农业、商贸、管理等领域和部门从事与园艺有关的技术推广与开发、经营与管理、教学与科研等工作的应用型复合型高级专门人才。本专业学生主要学习生物学和园艺学的基本理论、基本知识，接受园艺植物生产全过程、管理和科研方面的基本训练，具有园艺植物生产、技术开发和推广、园艺企业经营管理方面的基本技能和从事相关专业领域工作的适应能力。
设施农业科学与工程专业
本专业培养具有坚实的设施农业科学与工程学基本理论、基本知识和基本技能，掌握学科发展动向和新成就，能从事与设施农业有关的技术推广与开发、工程设计与建造、经营与管理、教学与科研等工作的应用型复合型高级专门人才。
食品科学与工程专业
本专业培养德、智、体全面发展，适应我国工业化、城镇化和国民经济建设需要，具备食品科学、食品加工与贮运保鲜基本原理和技能;掌握食品工程、食品包装、食品分析和卫生检验以及食品企业经营管理理论与技术;从事园产品加工、粮油加工、畜产品加工、果品蔬菜冷冻冷藏、食品分析与检测、食品企业管理的高级复合型人才。
食品质量与安全专业
本专业培养德、智、体全面发展，适应国民经济建设和人民群众健康需要，具备食品科学、食品检测和分析、食品安全与评价、环境科学、动植物生产基本理论和技能;熟知国际食品质量安全标准体系，具有在企业、教学、科研和公共管理等部门从事食品分析检测、安全评价、质量管理和科学研究等方面专业工作能力和素质;从事食品质量与安全的检测、评价、控制、监督、执法、管理的高级复合型技术人才。
葡萄与葡萄酒工程专业
本专业培养德、智、体全面发展，适应我国工业化、城镇化和国民经济建设需要，具备葡萄栽培管理、葡萄酒及各类酒酿造、葡萄酒及各类酒厂工艺设计管理理论与技术，从事葡萄酒生产、营销贸易、文化推广、新产品开发、机械工程设计和酒类企业管理等工作的高级复合型人才。
农业资源与环境专业
本专业培养具有坚实的化学、生物科学、环境科学基础，能掌握农业资源调查与规划、农业环境监测及管理、农产品质量监测、土壤、水资源分析技能，毕业后能从事农业环境监测与环境管理、农产品安全管理、配方施肥、农业资源与环境、新型肥料研发与农化服务方面的应用型、复合型高级专业技术人才。
土地资源管理专业
本专业培养具有坚实的土地资源管理的基础理论和技能，具备土地资源调查、评价、规划、开发、利用与管理以及土地经济、政策法规等知识，掌握土地资源管理的现代化技术手段和方法，毕业后能在各级土地管理部门、学校、科研机构以及土地评估所、房地产公司等企事业单位开展工作的应用型、复合型高级专业技术人才。
地理信息系统专业
本专业培养德、智、体全面发展的、具有宽厚基础知识、较高综合素质、具有创新精神和实践能力，具备系统、扎实的计算机科学、地理信息系统技术、地理与地图学、遥感技术、测绘科学技术等方面的基本理论、基本知识、基本技能，能在科研机构或高等学校从事与地理信息有关科学研究或教学工作，能在城市规划管理、国土资源管理、环境、交通、住房、基础设施、测绘、农业信息等领域从事与地理信息系统有关的应用研究、技术开发、生产管理和行政管理等工作的应用型、复合型高级专门人才。