农学专业
农学专业是山东农业大学设置最早的传统优势骨干专业之一，是山东省首批品牌专业。本专业以国家重点学科、国家重点实验室、省部级重点开放实验室和作物学一级学科博士点、博士后科研流动站为平台，将农学与与现代生物技术和信息技术紧密结合，培养具有坚实的现代生物学基础知识，熟悉作物生长发育、遗传变异和产量品质形成规律，掌握作物育种和良种繁育、农业信息与管理、农业资源开发与利用和作物高产优质与可持续发展的基础理论、基本知识和基本技能，熟练掌握现代生物技术、作物生产技术、农副产品加工技术和农业标准化与质量认证技术，能够适应农作物产业化开发、农业经营与管理、教学与科研等工作的应用型、复合型高级专门人才。
植物科学与技术专业
本专业以农学、园艺两个国家重点学科、多个省部级重点开放实验室和作物学、园艺学等一级学科博士点、博士后流动站为依托，把植物科学与现代生物技术和信息技术紧密结合，培养具有坚实的生物科学及相关学科基础理论知识，掌握现代生物技术及植物遗传改良、农业信息技术及植物生产管理、生态环境及植物产品质量安全、植物保护和植物产品贮藏与加工等基本理论、基本知识和基本技能的应用型、复合型高级科学技术人才。本专业的突出特色是学生专业基础扎实、知识面宽广、适应能力强。毕业生适于从事与植物(大田作物、园艺作物和花卉等)科学及生产技术有关的教学与科研、生产与开发、经营与管理等工作。
种子科学与工程专业
本专业依托国家重点学科和国家重点实验室，是该领域的全国优势专业，具有从本科到博士完善的学历培养层次，是一个面向种子产业化的广口径专业，涉及农作物、蔬菜、水果种子及种苗生产、加工、经营等方面的知识。通过对生物学、经济学及专业知识的学习，培养具备种子科学与工程技术等方面的基本理论、基本知识和基本技能，适应市场经济要求，能在种子科学与工程技术的相关部门或单位从事教学与科研、推广与开发、经营与管理等工作的应用型、复合型高级专门人才。
中药资源与开发专业
本专业培养具有中药学、农学、生物学和化学等基础理论、基本知识和基本技能，掌握中药资源调查、中药经营与管理等知识和技能，能够在中药和农业管理部门、中药生产和经营企业、教育和科研机构、卫生与医疗单位等从事管理、技术推广、研究开发、生产经营和教学科研等方面工作的应用型、复合型高级专门人才。
植物保护专业
本专业依托植物保护一级学科博士点、博士后科研流动站和植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学、森林保护四个硕士点，培养具有坚实的生物学、生态学基础知识，掌握植物保护、植物检疫和农药学理论知识与技能，能从事有关植物保护、环境生物、生物资源保护与利用等方面的教学、科研、技术创新与推广应用、科技成果转化等工作，以及烟草生产、森林保护、出入境检验检疫、绿色植保与农产品安全生产检测等工作的复合型人才。
制药工程专业(农药方向)
本专业依托植物保护一级学科博士点、博士后科研流动站和植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学、森林保护四个硕士点，培养具有坚实的化学和生物科学基础知识与基本技能，掌握农药学和植物保护学的理论知识与技能，能够从事与制药工程有关的农药合成、农药制剂加工、制剂分析、农药制剂管理、农药制剂研发、药物残留分析、经营管理及推广应用等工作的宽口径、复合型高级工程技术人才。
动植物检疫专业(植检方向)
本专业依托植物保护一级学科博士点、博士后科研流动站和植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学、森林保护学四个硕士点，培养从事出入境植物检疫和国内植物检疫、生物入侵预警与控制、有害生物综合治理、生物资源保护和可持续利用等工作的高级复合型人才。
烟草专业
本专业培养具有坚实的生物学和经济学基础，掌握现代烟草生产科学、烟草市场经济学和企业管理学等方面的基本理论、基本知识和基本技能;熟悉国际、国内烟草有关政策和法规。毕业后能在烟草及相关部门或单位从事烟草生产技术指导、教学科研、技术开发、烟草企业经营管理、烟草商品贸易等工作的应用型、复合型高级专门人才。
园艺专业
本专业培养具有坚实的生物科学基础知识，掌握园艺植物生长发育的基本规律和基础理论，具有栽培管理、育种良繁、储藏加工及园艺场所规划设计等基本技能，能在农业、商贸、园林管理等领域和部门从事与园艺科学有关的技术与设计、推广与开发、经营与管理、教学与科研等工作的高级科学技术人才。毕业生主要面向科研、农业管理、高新技术产业及其他相关部门，从事果树、蔬菜、花卉、设施园艺科学研究、技术推广、生产经营等工作。
设施农业科学与工程专业
本专业培养具有坚实的设施农业科学与工程学基本理论、基本知识和基本技能，掌握学科发展的动向和新成就，能从事与设施农业有关的技术推广与开发、工程设计与建造、经营与管理、教学与科研等工作的应用型复合型高级专门人才。毕业生能在科学研究机构、高等院校、企事业单位及行政部门从事设施农业的生产技术、工程设计、管理、教学和科研方面工作
食品科学与工程专业
本专业培养适应我国工业化、城镇化和国民经济建设需要，具备食品科学、食品加工与贮运保鲜基本原理和技能;掌握食品工程、食品包装、食品分析和卫生检验以及食品企业经营管理理论与技术;从事园产品加工、粮油加工、畜产品加工、果品蔬菜冷冻冷藏、食品分析与检测、食品企业管理的高级复合型人才。
食品质量与安全专业
本专业培养适应国民经济建设和人民群众健康需要，具备食品科学、食品检测和分析、食品安全与评价、环境科学、动植物生产基本理论和技能;熟知国际食品质量安全标准体系，具有在企业、教学、科研和公共管理等部门从事食品分析检测、安全评价、质量管理和科学研究等方面专业工作能力和素质;从事食品质量与安全的检测、评价、控制、监督、执法、管理的高级复合型技术人才。
葡萄与葡萄酒工程专业
本专业培养适应我国工业化、城镇化和国民经济建设需要，具备葡萄栽培管理、葡萄酒及各类酒酿造、葡萄酒及各类酒厂工艺设计管理理论与技术，从事葡萄酒生产、营销贸易、文化推广、新产品开发、机械工程设计和酒类企业管理等工作的高级复合型人才。