学院具有光辉的历史，最早可追溯到1946年山东大学农学院园艺系(青岛)和1947年山东农学院园艺系(济南)，1952年经全国院系调整，调入金陵大学园艺系和南京大学园艺系果树组成立了山东农学院园艺系，2000年12月更名为园艺学院，2004年3月更名为园艺科学与工程学院。
经过近60年的建设与发展，学院已发展成具有以本科教育为基础、逐步扩大硕士、博士研究生教育和博士后人员培养的多层次办学能力的优势学院。学院设置5个系、1个研究所和苹果工程中心，现有教职员工53人(不含国外学习工作11人)，其中博士导师12人，硕士生导师22人，教授15人，副教授14人，教学科研人员中具有博士学位的23人，博士后研究人员7人。目前本科专业有园艺专业和设施农业科学与工程专业。园艺学为国家一级学科博士点，博士后流动站，下设果树学、蔬菜学、观赏园艺、茶学、园艺环境工程学、设施农业科学与工程学和葡萄与葡萄酒学 7个二级学科博士点。果树学为国家级重点学科，蔬菜学为山东省重点学科，园艺专业为十五省重中之重建设专业。