经济管理学院的前身为管理学院，是全国最早创建经济管理类专业的院系之一，积累了半个世纪的教学经验。近年来，学院在工商管理硕士的培养上已形成特色，多次评估名列前茅，得到社会普遍好评。
学院现设有产业经济学、管理科学、会计学、国际贸易、技术经济与管理、企业管理等6个硕士点与一个工商管理硕士(mba)专业学位点。在1996年经国务院学位委员会批准，上海海事大学与荷兰马斯特里赫特管理学院开始联合举办工商管理硕士培养项目，迄今已开办了5届，1998年经国务院学位委员会批准，为当时全国55所工商管理硕士(mba)联考单位之一，2002年经国务院学位委员会批准，为全国30所高级工商管理硕士(emba)举办单位之一，该项目的主要承办部门为经济管理学院，目前已形成了多种形式的mba办学体系。
经济管理学院现设经济学、国际经济与贸易、国际金融、电子商务、会计学、财务管理、国际会计、工商管理、旅游管理、管理科学、行政管理等11个本科专业。交通与运输经济管理是该院的特色，产业经济学被列为交通部重点学科，工商管理被上海市列为重点专业招生。
经济管理学院现有教师76人，其中26%具有博士学位。现有硕士研究生250余人，本科生1980余人。