商船学院建立于1995年4月，现有航海系、轮机系及航海科学研究所。现设有载运工具运用工程博士点及载运工具运用工程、轮机工程、交通信息工程及控制、制冷与低温工程等4个硕士点;航海技术、轮机工程、热能与动力工程等3个本科专业。
商船学院具有较完备的教学和科研设施，设有9个教研室。拥有雷达模拟器、船舶操纵模拟器、电子海图、全球海上遇险和安全系统(gmdss)、天象馆、自动化机舱、轮机模拟器等具有国内水平的实验设备;拥有天琴、天鹰两艘无限航区的现代化远洋训练帆艇和四小证训练设备，设有航海科学研究所。此外，商船学院还设有院办公室、资料陈列室、学生工作部、航元海运技术开发公司。
商船学院现有教职工124人，拥有一支基础扎实、实践经验丰富、积极进取的教师队伍，现有专业教师78人，其中教授16人、副教授34人、讲师24人、助教6人。具有博士学位7人、硕士学位55人、在读博士生8 人。持有海船船长证书10人、大副证书11人、轮机长证书2人、大管轮证书6人。专业实验人员28人，其中高级工程师、高级实验师9人。商船学院为国家培养和输送了大量的高级航海技术人才，自1972年以来，已有约6000余航海类专业毕业生走出校门，投身航运事业，他们中的许多人已成为我国发展国内外运输和航海科技事业的骨干力量，正在为我国的社会主义现代化建设作出巨大贡献。商船学院现有硕士研究生59人，本科学生1837人。