20世纪50年代末，在全国“大办农业，大办粮食”热潮中，为适应上海经济发展和文化建设的需要，上海市委作出了建立上海农学院(上海交通大学农业与生物学院前身)的决定。1959年，上海农学院应运而生，校址设在松江县(现松江区)城北。这是上海市历史上的第一所由地方政府主办的高等农业院校，掀开了上海高等农业教育的新篇章。1963年8月，因国家出现经济、财政困难，上海农学院停办。1978年10月，上海农学院在上海县七宝(现属闵行区)恢复重建。1999年9月，上海农学院并入上海交通大学，成立上海交通大学农学院。2002年3月，更名为上海交通大学农业与生物学院。2009年5月，进入教育部、农业部合作共建全国八所涉农高校行列。
并校以来，学院紧密围绕“创建世界一流农科”战略主线，形成并确立了“以农为本、需求牵引、特色发展、争创一流”的办学指导思想，着力加强学科建设、培养与引进高层次人才，努力提高办学层次、提升人才培养质量，各项事业取得了跨越式发展。学院现有全日制本科专业5个(植物科学与技术、动物科学、园林、资源环境科学、食品科学与工程)，一级学科硕士学位授权点7个(园艺学、畜牧学、生态学、食品科学与工程、风景园林学、植物保护、农业工程)，二级学科硕士学位授权点2个(预防兽医学、作物遗传育种)，一级学科博士学位授权点3个(园艺学、生态学、生物医学工程)，专业硕士学位授权点4个(农业推广、兽医、风景园林、食品工程)。拥有上海市重点学科1个(蔬菜学)，建有蔬菜学、生态学博士后科研流动站。教职工215人(专任教师135人)，其中正高职称教师 50人，副高职称教师56人，具有博士学位的教师124人(海外博士28人)，一年以上海外学习经历的教师94人，“长江学者”特聘教授1人，讲席教授6人。截至2013年9月，全日制在校生1084人，其中本科生603人、研究生481人(博士生178人)。
学院坚持走“顶天”、“立地”“一体两翼”式发展道路，以农业与生物学院为实体，利用学校多学科优势，注重与工科、理科、医科和管理学科的交叉融合，努力打造高层次的“顶天”科技创新队伍，致力于农业应用基础研究和开发研究，为农业技术创新提供源头;以挂靠学院的上海交通大学新农村发展研究院为载体，探索农业科技推广专兼职队伍长效机制，加快建设高水平的“立地”农业科技推广队伍，专注于农业科研成果的转化和推广，为国家的农业现代化和社会主义新农村建设服务。学院围绕现代农业与人类健康，着力加强农业科技创新、农业科技推广平台基地建设，不断提升科研水平和质量，在农业优质新品种与资源利用、食品安全与营养、农业环境与生态安全保障、人兽共患疫病的防控、园林生态与景观等多个方向形成特色。现拥有新农村发展研究院(国家级)、农业部都市农业(南方)重点实验室、上海市兽医生物技术重点实验室、上海市食品安全工程技术研究中心等国家级、省部级研究基地。近三年(2011-2013)，科研到位经费总计 2.1亿元，获批千万级国家项目3项，国家自然科学基金立项资助项目56项(重点项目2项);发表SCI/EI论文433篇，专利授权(含软件著作权)194项，新品种审定24项。以我院为第一完成单位获国家科技进步奖二等奖1项，教育部科技进步一等奖2项，上海市科技进步二等奖1项。
学院积极探索综合性大学农科创新人才培养模式，高度重视学生创新精神和实践能力培养。2009年，我院改革本科生招生办法，启动实施提前批次招生，与上海市农委签订联合培养农科人才协议，定向培养新农村建设高端人才。2008、2010、2012年，学院学生牵头组建的创业计划项目连续三届闯入“挑战杯” (第六、第七、第八)中国大学生创业计划大赛决赛，摘得2金1银佳绩;2011年，推荐的科技创新项目获第十二届“挑战杯”全国大学生科技作品竞赛二等奖;2011、2012、2013年连续三年获评团中央暑期社会实践重点团队(2012年囊括学校仅有的2支团中央重点团队)，获评上海市大学生暑期社会实践活动优秀项目奖多项，2012年获评交大唯一的上海市社会实践最佳项目奖。
学院不断深化对外合作与交流，先后与美国康奈尔大学、罗格斯大学、普渡大学、英国诺丁汉大学、英国皇家兽医学院、荷兰瓦格宁根大学、日本千叶大学、京都大学等30多个世界知名学校和科研机构建立了良好的合作关系。建有中美食品安全联合研究中心(科技部注册)、交大- 复旦- 诺丁汉植物生物技术研发中心、上海交通大学陆伯勋食品安全研究中心、上海交通大学-普渡大学惠斯特勒碳水化合物联合研究中心等国际科研合作机构。2004 年，学院率先与全球农科排名第一的美国康奈尔大学农业与生命学院形成战略伙伴，后分别与罗格斯大学、普渡大学等知名院校签订了学生联合培养协议。目前，已有20余名本科生通过2+2项目获得了双学位，并顺利进入耶鲁大学、布朗大学等常青藤大学攻读硕士、博士学位。学院还与日本住友化学株式会社、美国食品饮料和消费品制造商协会等世界知名企业签署了合作意向书，开展生态农场和食品安全领域的合作。
风雨兼程自强不息，承前启后再创辉煌。展望未来，学院将坚持“以农为本、需求牵引、特色发展、争创一流”的办学指导思想，努力实现创建世界一流农科的战略目标，通过学科、组织、人员三大结构调整，以未来国家农业发展的重大科技问题和战略需求为导向，以创新的系所矩阵式混合组织结构、团队制管理模式为核心，以“一体两翼”的结构模式，“顶天”、“立地”两支队伍为抓手，深化内涵和质量建设，凝练学科梯队，构建创新平台，加速推动跨越式发展，力争早日跻身国内外高水平农科院校前列。