上海交通大学高等教育研究院(简称高教院)是学校直属的二级教学科研单位，2007年12月正式成立，前身是成立于1985年的高等教育研究室，2005年被命名为教育部科技委战略研究基地。高教院下设世界一流大学研究中心、研究生教育研究中心、科学与技术政策研究中心和《国际高等教育》编辑部，并设有上海交通大学图书馆教育分馆。
高教院以世界一流大学研究为源起，不断拓展学科领域。1998年获准设立高等教育学硕士点，2003年获准设立科技与教育管理博士点，2010年获准设立教育学一级学科硕士点、公共管理一级学科博士点，逐步构建了以高等教育学、比较教育学、科技与教育管理、教育经济与管理等学科为支撑，以世界一流大学研究、研究生教育研究、定量科学与技术政策研究为聚焦点的学科发展与研究矩阵，形成了学科方向与学术品牌建设相互支撑、共同发展的布局结构，并致力于培养教育学、公共管理学等领域的高层次创新人才。
高教院坚持小规模、高水平、国际化的发展战略，坚持理论与实践相结合、学术研究与政策咨询相结合的理念，以数据和资料库建设为支撑，以定量和实证研究方法为手段，积极推动学科交叉研究，经过长期的办学积累，形成了鲜明的办学特色。
以一流大学研究为核心，坚持理论研究和政策咨询紧密结合。上世纪八十年代中后期以来，高教院以世界一流大学为主要研究方向开展理论研究和政策咨询，发表了大量学术成果，包括有关世界一流大学研究的第一本中文专著《世界一流大学研究》和第一本英文专著《World-Class University and Ranking: Aiming Beyond Status》，组织出版“一流大学研究文库”、“高等教育研究文库”、“研究生教育研究文库”等系列著作。进入新世纪以来，高教院积极开展决策咨询研究。以教育部科技委《专家建议》为标志，提交系列研究报告，受到国家领导人、相关部委的好评和采纳。近5年，有多个研究成果先后获高等学校科学研究优秀成果奖(人文社会科学)和上海市哲学社会科学优秀成果奖等奖项、上海市哲学社会科学优秀成果奖内部探讨优秀成果奖、教育部高校哲学社会科学研究优秀咨询报告。
以数据和资料库建设为支撑，坚持以定量和实证研究为主要手段。在理论研究和政策咨询中，先后启动全球大学学术竞争力数据库、世界研究生教育法律法规文献库、华人科学英才数据库、研究型大学发展典型案例库等数据和资料库建设，为开展定量和实证研究提供数据和资料平台支撑，形成了鲜明的研究风格，并得到广泛认可和赞许。
以国际化战略为主导，坚持国际国内双向拓展学科影响力。高教院成立了以国际高等教育研究专家 Philip G. Altbach、世界银行高等教育处首席专家Jamil Salmi、OECD高校管理计划主席Marijk van der Wende为成员的国际顾问委员会，定期对学院发展提供战略建议;与牛津大学教育系合作成立了“上海交大-牛津联合高等教育研究中心”，与波士顿学院国际高等教育研究中心结成了长期协作伙伴关系。 从2005年开始，发起并连续主办世界一流大学研讨会(International Conference on World-Class Universities，WCU)，已成为最有影响力的一流大学研究与实践的国际交流平台。承担了世界银行、马其顿共和国教育与科技部、德国大陆公司等国家、国际组织、跨国公司委托的多个国际合作项目。学院具有海外名校博士学位、博士后研究经历或1年以上海外名校访问经历的教师占教学科研人员的55%。每年派出博士生赴海外著名高校访学，多位硕士毕业生分赴洪堡大学、伦敦政治经济学院、爱丁堡大学等著名高校攻读博士学位。并接收了墨尔本大学、加州大学尔湾分校等海外著名高校博士生从事访问研究。
以学术品牌建设为抓手，坚持学科发展的精品路线。2003年首次对全世界研究型大学的学术表现进行评价，并推出了英文版“Academic Ranking of World Universities”(世界大学学术排名)，引起了国际社会的广泛关注，2007年和2009年又先后开发出“学科排名”和“领域排名”，引领国际大学排名发展方向。欧盟委员会、美国、加拿大、英国、德国、法国、澳大利亚等国家和组织的主流媒体进行了报道。排名引发了法国对高等教育体系的思考，德国等教育资源配置的改革，推动了英国Imperial College等一流大学学术规范建设。
以教育帮扶活动为载体，坚持社会公益与学术理想的有机结合。高教院从2008年开始筹划开展了名为“GSE真情传递”的教育帮扶活动，希望在力所能及的范围内为贫困地区的小学生成长提供帮助。学院将云南楚雄彝族自治州大过口乡大邑鸡民族小学作为对口支援学校，设立了WCU奖学金、助学金、奖教金，每年颁发1次。公益活动精神传承，为学术研究和人才培养注入新的元素。
回首过去，在中国高等教育大改革大发展的历史背景下，上海交通大学高教院找到了一条学术研究与政策咨询结合、定量与实证研究为主、国内交往与国际合作并重的特色发展道路，为我国高等教育和公共政策研究百花齐放的生动局面增添了色彩。
展望未来，高教院将更好地对接国家战略和社会需求，通过构建具有国际竞争力的学术研究团队，在世界一流大学研究、研究生教育研究、定量科学与技术政策研究等领域有选择地追求卓越，朝着小规模、高水平、国际化的世界知名社会科学研究基地的建设目标努力前行。