第二军医大学研究生院于2000年6月经教育部批准试办，2004年9月教育部批准正式成立，是全军 三所研究生院之一。设招生处、教学培养处、学位与学科建设处，是学校学位与研究生教育和学科建设工作的管理机构。
我校自1955年开始招收培养研究生，是国家首批博士、硕士学位授权单位和首批在职人员申请硕士、博士学位单位和放权免检单位，也是国家首批临床医学专业学位博士、硕士两级授权试点单位。
在学校党委的正确领导下，第二军医大学研究生院始终坚持以科学发展观为统领，以国家研究生教育“24字”基本方针为指导，以新时期军队高层次人才建设发展战略和学校建设国际知名高水平研究型军医大学奋斗目标为总要求，不断解放思想，开拓创新，大力加强研究生教育制度机制创新，稳步推进研究生教育的规模、结构、质量、效益协调可持续发展，研究生教育步入了规范化的良性发展轨道。学校拥有一支结构合理、素质优良、充满活力的师资队伍，现有硕士生导师414名、博士生导师184名，其中，中国科学院院士2名，中国工程院院士2名，国务院学位委员会学科评议组成员4名。国家重点学科26个，全军“2110工程”重点学科3个，总后“530工程”重点学科2个，国家临床药理基地2个，“长江学者计划”特聘教授岗位设置学科7个，上海市重点学科7个，上海市临床医学中心4个，博士后流动站6个。已建立法学、教育学、文学、理学、工学、医学、管理学7个学位门类的研究生培养体系，博士学位授权一级学科6个，博士学位授权二、三级学科61个;硕士学位授权二、三级学科78个，硕士专业学位授权点3个(MPH、临床医学、口腔医学)，博士专业学位授权点1个(临床医学)。拥有全军医学研究所、医学专科中心、重点实验室30个，其中免疫与基因治疗实验室、生物信号转导实验室和药物化学实验室被评为全军“重中之重”重点建设实验室，研究生专用教学实验室4个，多媒体网络教室26个，野战卫生勤务人员培训基地1个，在全军建立研究生联合培养点13个。
建校以来，先后招收研究生8113名，其中博士生2397名，硕士生5716名;共授予学位5449名，其中博士学位1816名，硕士学位3633名。目前，在校研究生2000余名。获得“全国百篇优秀博士学位论文”10篇，位居全国医科院校和全军院校第一;全军优秀博士论文9篇，优秀硕士论文10篇;上海市优秀博士论文29篇，优秀硕士论文7篇;入选“国家研究生教学用书”3部;临床医学博士后流动站评为“全国优秀流动站”。
面对新世纪军队建设的新形势新任务新要求，第二军医大学研究生院继续深入贯彻军队人才建设发展战略，按照学校“一个中心、四个坚持”的办学思路，大力加强学科建设，不断优化结构，整合资源，强化特色，全面提升建设水平;大力加强研究生教育创新发展，通过科研创新、出国访学、参加国际会议和学术论坛等举措，推进研究生教育“国际化、多元化、现代化、个性化”的发展进程，全面提升培养质量。努力把我校研究生院建设成为一个高水平的人才培养基地，为学校新一轮跨越式发展做出积极的贡献!