西南大学研究生教育始于20世纪50年代，先期在昆虫学、土壤学、耕作学、生物化学招收研究生，是研究生教育雏形。1977年恢复高考，1978年重新招收研究生，30多年勤奋，学位与研究生教育突飞猛进。1981年第一批学位授权点审核，西南师范大学、西南农业大学经国务院批准成为首批硕士授权单位，分别获得植物学、农业昆虫与害虫防治、分子化学与分子生物学硕士点。1984年第二次学位点审核，获课程与教学论博士学位点，成为博士授权单位，继之，1986年，农业昆虫与害虫防治晋级为博士学位点。2000年第八轮学位点审核，园艺学、农业资源利用、农林经济管理荣登博士学位授权一级学科。研究生教育虽有一定发展，但年招生仍徘徊于200余人。
跨入21世纪，研究生教育迎来发展机遇，学位点快速增长，学科齐备、层次增多、规模扩大。至今，已有21个博士授权一级学科，46个硕士授权一级学科，5个国家重点学科(含2个培育学科)，1个国家重点实验室，1个国家工程中心。19个硕士专业学位点，1个博士专业学位点。年招收博士研究生320余人、硕士研究生6000余人(包括免费师范生在职攻读硕士学位2000余人)，在校研究生达16000余人。桃李遍华夏，才俊布五洲。
为适应研究生教育人才培养需求，2011年10月，学校批准成立研究生院和研究生工作部，并于2012年9月28日正式揭牌，下设八个科级机构，在岗28人，负责招生、培养、思想政治教育、学生管理、学位授予、专业学位管理及学科建设。
研究生教育理念
深入贯彻落实《国家中长期教育改革和发展规划纲要(2010-2020年)》、教育部、国家发改委和财政部《关于深化研究生教育改革的意见》(教研〔2013〕1号)、教育部《关于全面提高高等教育质量的若干意见》和《国务院学位委员会关于在学位授予工作中加强学术道德和学术规范建设的意见》(学位【2010】9号)精神，根据学校战略发展规划, 瞄准科学前沿和国家发展的重大需求，走“内涵发展、分类建设、协同创新、提升质量”的发展之路，积极推动高层次人才培养协同创新，以人才培养模式改革为基础，以研究生教育国际化为牵引，以结构调整为动力，以创新能力提升为重点，实施“六大工程”，全面提升学校学位与研究生教育质量。
学科建设简介
学校现有5个国家重点学科(其中2个国家重点培育学科)、39个省部(市)级重点学科、19个博士后科研流动站、21个一级学科博士学位授权点;46个一级学科硕士学位授权点;1种专业博士学位，19种专业硕士学位。有1个国家重点实验室、1个国家工程技术研究中心、7个教育部或农业部重点实验室、2个国家野外科学观测试验站、3个教育部工程研究中心、2个国家创新引智基地、3个教育部创新团队、23个省(市)级重点实验室、9个省(市)级工程技术研究中心、1个教育部人文社会科学重点研究基地、11个重庆市人文社会科学重点研究基地。学科涵盖12个学科门类，55个一级学科。