1985年，经原国家教委教研司011号文件批准，我校政治经济学(特区经济)和企业管理专业开始招收硕士研究生，至1988年共招收4届19名硕士研究生。1993年至1996年，我校政治经济学、中国古代文学、马克思主义哲学、建筑设计及其理论4个专业分别与华南师范大学、华南理工大学联合培养硕士生研究生共10人。
1996年，我校正式获得硕士学位单位授予权，同时3个学科、专业获得授权。之后，全校上下团结、努力，不断加强学科、学位点建设，至2011年，我校已拥有3个博士授权一级学科，25个硕士授权一级学科，另有15个硕士授权二级学科。
目前，在校研究生3300余名，根据学校“十二五”规划目标，2015年在校研究生将达 5000名。 我校师资力量雄厚，现有硕士生导师812 位，博士生导师27人。为提高学校整体科研水平，提高培养质量，学校引进了以牛憨笨院士、倪家缵院士、陈国良院士为代表的一批高水平学科带头人，并为他们提供优良的工作条件，组建了学术梯队。最近，又聘请刘盛纲、陈俊亮、钱清泉等8位院士为我校“双聘”院士。
为充分发挥我校高层次教育的社会作用，学校采取多种形式，加大对社会人才的继续培养。学校于2000年开始举办研究生课程进修班，多年来，有数千人才参加了研究生课程学习;数百人通过同等学力人员申请硕士学位全国统考和学位论文答辩，获得硕士学位。
2005年，我校获工程硕士专业学位授权，现已在电子与通讯工程、建筑与土木工程、集成电路、机械工程四个专业领域招生。近年来，专业学位硕士发展迅速，目前我校已拥有包括MBA、MPA、教育硕士、法律硕士等21个专业学位点(培养领域)。
随着我校研究生教育规模的扩大，加强管理、保证培养质量就成为我们的工作关键。为此，学校在增加投资力度，加强学科建设、学位点建设的同时，不断健全研究生教育的管理机构，充实管理队伍，完善各类规章制度。2010年12月，深圳大学研究生部更名为研究生院(筹)，下设培养管理办公室、学位办公室、学生工作办公室等工作部门，学位与研究生教育工作进一步得到加强。