我校与东京工业大学已于2004年2月24日正式签署了两校联合培养硕士研究生项目协议书，每年由两校对等互派学生，联合培养纳米技术、生物科学与工程专业方向硕士研究生，学制三年，在满足双方大学各自的培养规定的前提下，授予双方大学的硕士学位。4月中旬，我校已开始从2004年录取的硕士研究生中选拔学生作为参加此项目的候选人。这标志着两校联合培养硕士研究生项目正式启动。
联合培养项目由东京工业大学提供奖学金支持，他们正在积极地运作和宣传，以获得更多日本大公司和企业界的鼎力赞助。同时，为使这项合作尽早启动起来，东京工业大学已为该联合培养项目准备出专用办公室，作为今后清华大学教师及有关工作人员在日本工作访问期间的办公场所。我校也在积极安排和落实东京工业大学的教授来我校工作时的办公条件。
东京工业大学的联合培养学生将于2005年3月进入我校学习。