云南师范大学历史与行政学院始建于抗日锋火中的1938年。 前称是国立西南联合大学师范学院史地系，著名历史学家陈寅恪、钱穆、雷海宗、郑天挺、吴晗等曾在此执教。抗战胜利后，组成联大的北京大学、清华大学、南开大学三校复员北返，联大师院留昆独立建制，定名国立昆明师范学院，史地系为七大学系之一。昆明师范学院时期，1953年历史独立建系，1982年复立历史系。1984年随校名变更，改称云南师范大学历史系。蒙元史专家方龄贵教授、隋唐史专家潘镛教授、东南史专家王民同教授、宗教史专家马超群教授等老一辈学者为历史学科的发展及人才培养做出了贡献。2000年成功申报“行政管理”本科学业，同年历史系更名为历史与行政学院。2002年旋成功申报“人文教育”本科专业。目前，学院成为一个含历史专业、行政管理专业、人文教育专业在内的教学科研单位，在读全日制本科生907名。
学院1985 年开始招收硕士研究生， 1986 年获“世界地区史·国别史（东南亚）”硕士学位授权点、“中国古代史”硕士单位授权点，2002 年获“中国近现代史”硕士学位授权点，2005 年获“行政管理”硕士学位授权点。还招收了历史教育硕士、历史课程与教学论硕士、高校师资“中国古代史”硕士研究生。现有全日制硕士生196人，教育硕士58余人，高校硕士15人。
学院在职教职工53人，专任教师42人，专任教师中教授8人，副教授11人，讲师22人；博士16人，硕士16人，有云南省教学名师1人，学校首届教学名师1人。学历结构上，硕士以上教师占专任教师总数的76.19%；学缘结构上，本校毕业者占24%，省内其他高校毕业者占27%，省外高校毕业者占49%；年龄上，45岁以上的教师占32%，45岁以下的中青年教师总比68%。
学院进一步明确学科建设和特色建设思路。云南边疆学为我院重点建设领域；西南联大史、云南边疆历史与现状，当代东南亚史、明清史、西南边疆行政管理学作为特色方向发展；组织学院优秀教师面向全校开设世界文明史和国际政治课程；加大学院特色精品课建设和创新科研团队建设的力度，形成教学团队与科研团队的互动与合力。
经过70余年的发展，云南师范大学历史与行政学院已成为云南省优秀的历史学、人文教育学师资和行政管理人才培养和科学研究的基地。