扬州大学的研究生教育开始于上世纪60年代初，是国务院批准的首批博士、硕士学位授予权单位。现有一级学科博士学位授权点11个，一级学科硕士学位授权点44个，博、硕士专业学位15种，涵盖近80个专业领域。拥有国家级重点学科3个、省一级学科重点学科6个、省优势学科5个、省重点序列学科1个。博士生导师200多人，硕士生导师2000多人，其中专业学位研究生导师600多人。在籍博、硕士研究生近10000人。
我校将研究生培养与研究生管理融为一体，坚持以服务需求和提高质量为主线，以改革研究生培养模式和建设质量保障体系为着力点，大胆改革，努力创新，强化学术型与专业学位的分类指导，强化教科结合、产学结合，强化全过程、全方位育人，切实提高研究生培养质量。
在研究生招生方面，我校实现了研究生教育由以学术型研究生培养为主向学术型研究生与专业学位研究生培养并重的转变，提前两年实现了国家规定学术型与专业型研究生招生总数达1:1的目标。
在研究生培养方面，引导学生由知识性学习向自主研究性学习转变，积极推进产学研联合培养研究生的“双导师制”，加大企事业单位参与研究生培养的力度，在实践中培养学生的创新能力。创新导师和学生激励机制，重视导师的遴选、考核和培训，设立了优秀博士学位论文专项资助基金和全国优秀博士学位论文作者专项配套资助资金。加大研究生教育的国际化建设培养力度，不断加强研究生国际交流合作能力。先后与法国巴斯德研究所、日本九洲工业大学等机构，通过学分互认、学位互授等方式，联合培养博士、硕士研究生近百人。尤其是近年来，学校先后设立博士生国际学术会议交流专项基金，引进全英文授课课程，加入国家公派研究生联合培养博士项目、创新型人才国际合作培养项目，研究生培养国际化进程进一步加快。学校注重加强研究生培养的过程管理，积极实施“研究生培养创新工程”，组织开展研究生 “博雅”大讲堂、创新讲坛、学术文化节等活动，促进研究生学术交流，严把出口关，大幅度提高研究生学位论文双盲评审比例。
截止目前，我校4篇论文被评为全国优秀博士学位论文，6篇论文获全国优秀博士学位论文提名，33篇论文被评为省优秀博士学位论文，80篇论文被评为省优秀硕士学位论文，建成省研究生工作站204个，各项指标均居全省高校前列。
今后一个时期，我校研究生教育工作的总体目标是以立德树人为根本任务，以服务需求、提高质量为主线，坚持“改革、建设和管理”三位一体的原则，按照“完善制度、提高质量、科教结合、支撑创新、适应需求、引领未来”的思路，全面深化综合改革，着力完善“三型一化”培养模式，大力推进内涵式发展，切实提高研究生教育质量。