生物与环境工程学院下设生物化工、环境工程、食品科学、发酵工程和微生物学5个学科，其中生物化工和环境工程分别是浙江省重点扶植学科和学校重点学科。拥有生物化工、发酵工程和环境工程3个硕士点，生物工程、生物技术、环境工程、食品科学与工程及制药工程(生物制药)五个本科专业，还培养环境工程、生物化工专业的工程硕士。现有教职工近60人，其中中国工程院院士1人、教授7人、博士近10人。
学院倡导“求实、创新”的院风。在人才培养方面，注重基础理论教育和实践能力培养，形成了硕士生和工程硕士生、研究生、本科生及大专生等多层次的培养体系，历届毕业生大多数已在有关工厂及科研、教育等企事业单位发挥着重要的骨干作用。学院旨在振兴和发展本省经济，培养理论与实践相结合的全面发展的生物工程、生物技术、环境工程、食品科学与工程以及生物制药等领域的高级技术人才。
在科学研究和工程开发方面，生物化工学科主要开展生物细胞大规模培养、生物反应过程的研究、生物产物分离与纯化、新酶种的开发与应用、新生物医药品和生物农药品的研制以及化学品化学结构的生物法改造、生物反应过程装备等研究开发工作，承担国家攻关、省重大攻关等一系列项目，在微生物转化法生产大宗化工原料、微生物源生物农药、生物制药、生物过程装备等方面处于国际先进或国内领先水平，获得国家科技二等奖、浙江省科技进步奖等奖项多项。发酵工程学科主要开展微生物菌种的筛选、用基因工程手段改良微生物菌株、酶制剂的生产与应用、食品与食品添加剂的生物法生产、生物活性物质的提取与纯化、环境生物技术等方面的研究工作，承担了省自然科学基金、国家环保局等一大批项目，在酶与细胞的固定化技术、产酶菌株的发现与改良、发酵工艺过程的优化与控制等方面处于国内领先或先进水平。
获得过浙江省科技进步二等奖等奖项多项。环境工程学科主要开展水和大气污染控制、固废物处置新技术的研究和开发，以及噪声治理、环境影响评价工作，承担了一批国际合作和国家基金等项目的研究，在“环境中污染物的生物降解”、“废水的超临界法处理”等研究领域分别处于国内领先和国内先进水平，持有废水、废气治理工程乙级证书和建设项目环评乙级证书。食品科学学科主要开展食品加工用的新酶种生产、发酵法生产食品与食品添加剂、植物细胞培养生产营养功能食品、酶法加工食品、食品加工中的分离工程技术、食品新营养功能资源的研究、食品资源深度加工利用、食品资源功能成分的研究。承担了省自然科学基金、省重点科研项目及工厂委托的一大批研究项目，取得了包括省政府科技进步奖等一系列成果。微生物学学科主要开展基因工程技术及应用的研究，培育各类工业微生物生产菌种筛选、工业“三废”降解菌及土壤再生菌。承担了一批省部级项目，取得了一批国内领先的成果，在国内外知名杂志上发表了一批学术水平较高的论文。学院在这五个学科领域开展了大量的研究工作，2000年科研项目总经费470万元;近五年发表的论文被SCI、EI收录17篇次、获省部二、三等奖7次;科研成果得到推广应用，为浙江省的生物化工、环保、食品、制药等行业的发展作出了较大贡献。
学院下属五个研究所，分别是生物工程研究所、环境科学与工程研究所、营养食品研究所、发酵工程研究所、酿酒研究所;下属一个发酵工学中试车间(与日本Santury公司联建)和一个省级制药工程研究中心。