埃及有两套并行的教育行政管理体制：世俗教育体制和爱资哈尔教育体系。在两个体制之内任何水平的公立教育机构都是自由的。埃及政府负责管理教育的机构主要有3个：教育部、高等教育和科学研究部以及爱资哈尔宗教事务部。教育部负责中小学、中专中技、幼儿园及特殊教育。
高教科研部的主要任务是协调管理中等后教育，下设大学最高委员会，负责制定高等教育发展规划，确定招生考试方面的事宜，管理其下属的学校。大学最高委员会的成员为各大学校长和政府官员，主席由高教科研部部长兼任。
爱资哈尔宗教教育事务部负责计划和管理爱资哈尔大学及全国各地的爱资哈尔中、小学校。这类学校的入学条件是必须是穆斯林，主要是为了促进穆斯林文化和阿拉伯语的传播。
除了这两个系统外，还有一些其他类型的学校直属于国防部、社会服务部、财政部、旅游部、文化部等，招收的学生相对比较少。
政府负责两个系统的教育经费，并且接受世界银行、联合国儿童基金会以及其他国家的教育援助。私立学校教育经费的主要来源是学生的学杂费，收费标准较高，这些学校同时也接受政府的资助。