1) 正规课程(硕士、博士)
有不少大学院仅根据书面资料进行审查。不过一般来说，抵达日本后需要再参加入学考试。大学院的入学考试一般进行书面资料审查，小论文，以希望研究科目为主的口头问答。有的大学院还进行日语及专业科目、英语(或其它外国语)的笔试。
入学考试的时间因大学而异，大多在 8 月-10 月进行。也有大学院在 2 月-3 月进行入学考试。
2) 研究生
大部分大学只根据书面资料审查后准予入学。
关于指导教官：
不论是正规课程或研究生，有些大学院要求必须事先找好指导教授，并取得入学许可允诺，这点必须向该大学院询问确认清楚。
如果大学院要求取得指导教授的入学许可允诺，最好的方法是要求你出身的大学担当教授给你介绍指导教官。如果必要的话，可参考大学院简介，学会刊物，从毕业留学生，国内研究者等处获取情报，各大学院及 Read或者“研究者研究课题总览”(纪伊国屋书店刊)去寻找适合本身专攻内容科目的教官。有的教官设有研究科的网址，有些却不在电子邮件发表，那就靠书信或电讯传真试试吧。此外，也有些大学负责介绍指导教官。
如果用寄信方法寻找教授的话，请在信中具体写明您迄今的研究结果，今后的研究计划，为何选择那位教授的理由，能附上本国担当教官的推荐书就更好。教授对你一无所知又未曾见面，单从书信往来是难以作出判断，所以仅凭一次书信即取得入学许可允诺的机会很少。通常必须经数次的书信往返，传达您的热诚心意，才有结果。