日本留学教育方式与中国有区别。赴日留学以前，最好搞清楚日本的教学方式以及上课形式与教学制度，以便提早制定适合自己的留学计划，不要白白浪费时间。
日本大学除了基础知识和基本技能的传授外，特别注意介绍和研究世界新情报、新知识和新技术。很多大学的多数课程不采用教科书而是指定参考书。学生根据教授的要求阅读大量参考书，获取广泛的知识。学生必须通过自己的独立思考判断真伪，评价优劣，决定取舍，得出自己的结论。这一过程实际上是学生不断反复学习的过程，是学生学会和获取新知识的过程，也是学生逐步养成独立和创造性思维能力的过程。
日本高等院校的研究机构属于整个日本科学研究机构的一部分，文部省具体负责领导大学的科学研究工作。文部省的科研基金是支持高等院校科研工作最为广泛和重要的基金来源。此外，日本国内还有大量的财团和基金会支持科学研究。有名望的教授一项研究可得到5~6项基金的资助。充足的资金从基础上保证了研究的顺利进行。
在研究性质方面，日本的高等院校主要从事基础科学研究。从事教学与科研的基本单位是“讲座”。每个讲座由一个教授、一个副教授、一个讲师和一个助教(助手)以及多名攻读硕士和博士学位的研究生组成。形成一支老中青相结合，后备力量充足的研究集体。此外还有若干名大四学生参与有关实验研究工作，以完成毕业论文大四学生的实验时间大约是半年或近一年。
日本的实验室对外交流较多，他们经常利用国外学者来日旅游或参加学术会议之机邀请国外同行来实验室参观交流。这些活动安排紧，讲求实效，内容纯属学术交流，茶水咖啡三明治招待即可，不浪费金钱和时间，而又有收获。
在日本从事研究工作的一大特点是踏实和高效。这是建立在高效的社会化服务和完善的后勤保障基础之上的。在日本，出成果较多的学者可以从多个渠道获得研究基金的资助，可以很方便地出国进行学术活动，他们频繁地参加国内的有关学术会议，及时了解别人的研究进展和介绍自己的工作，并能及时购置科研所需的仪器设备。这样又可以促进多出成果，形成一种良性循环。
在学校管理上，虽然日本国立、公立高等学校与私立高等学校的内部行政管理不同，但无论国立或私立高等院校均体现“教授治校”的原则。日本的国立或私立高等院校均设置有评议会或教授会，它是学校的最高权力机构，成员主要由有声望的教授组成。教授会负责审理大学的学科设置、办学方针、人事制度、财政预算结算、资本处理、解散、合并等一系列的重大事项。