蛋白质分子表面构建与静电势分析提纲
论文摘要: 蛋白质是生命的物质基础,研究蛋白质分子具有重要的意义.这主要体现在:首先,蛋白质是细胞中的主要功能分子,大多数的生命功能都需要蛋白质来调控.（略）也是细胞中含量最为丰富的分子之一.因此,蛋白质分子的功能和结构的研究一直是生命科学研究的热点.蛋白质分子结构决定其功能.特别的,分子表（略）结构对功能影响极大.另外,在研究蛋白质分子时,分析静电势场是一个主要的手段.本文从上述两个方面对蛋白质进行分析（略）前人构建的蛋白质分子表面原子拓扑结构SASG的基础上,本文提出了表面原子图SAG的数据结构和相关算法,通过构建SAG并且搜索SAG的表面原子连通子图,找到真正的表面原子,去掉了由于SASG计算所包含的一些多余的原子.在提取（略）础上,构建了蛋白质分子的溶剂外部曲面(Solvent Excluded Surface, SES),结果表明用新的方法构建的SES更符合其定义.另外,我们把提取的表面原子还应用到搜索蛋白质分（略）问题的研究中,结果表明本文的方法是高效而且是有意义的. 本文还详细的叙述了在研究结合态配体小分子的芳香环静电势能的发现.通过分析大量的已知复合物结构,我们发现芳香...
Protein plays a very crucial role i（omitted） studying pro（omitted）ular is important. First, proteins are the main functions of （omitted）ecules, most of the biological functions are regulated by protein molecular. Second, protein molecular is one of most abundant elements in cell. So the study of protein m（omitted）unctions and structure is one hot problem of life science. Protein molecular func（omitted）nd on its structure, especially, the surface atoms plays a very important role in its functions. In ad...
目录:摘要 第5-6页
Abstract 第6页
第1章 绪论 第9-18页
·蛋白质分子三维几何结构 第9-13页
·蛋白质分子四级结构 第9-10页
·蛋白质分子结构获取方法 第10-11页
·蛋白质分子三维结构表示方法 第11-13页
·蛋白质分子数据库 第13页
·蛋白质分子的静电势 第13-17页
·静电势和静电势能的定义 第14-15页
·蛋白质分子静电势的计算 第15-17页
·本文的主要工作 第17页
·本文的章节安排 第17-18页
第2章 蛋白质分子表面原子的提取及应用 第18-38页
·引言 第18页
·蛋白质分子表面原子的定义和拓扑结构 第18-21页
·蛋白质分子表面的定义 第18-19页
·蛋白质分子表面原子的定义 第19页
·拓扑结构 第19-21页
·蛋白质分子表面原子图(SAG-surface atoms graphic) 第21-25页
·分子表面原子图SAG的定义 第21-22页
·分子表面原子图SAG的构建 第22-24页
·分子表面原子图SAG的搜索 第24-25页
·分子内空腔例子的展示 第25-27页
·实验结果 第27-28页
·表面原子在构建分子表面中的应用 第28-29页
·表面原子在分子静电势场分析中的应用 第29-30页
·表面原子在蛋白质对生物材料表面吸附中的应用 第30-37页
·马尔科夫链Monte Carlo(MCMC)简介 第31-34页
·搜索蛋白质分子吸附取向的方法 第34-35页
·蛋白质分子吸附取向的实验结果 第35-37页
·讨论 第37页
·本章小结 第37-38页
第3章 蛋白质分子结合位点静电势特征分析 第38-56页
·引言 第38页
·静电势的应用 第38-40页
·本文方法 第40-43页
·实验结果 第43-54页
·例子展示 第44-52页
·protein-DNA实验结果 第52-54页
·讨论 第54-55页
·本章小结 第55-56页
第4章 总结与展望 第56-58页
·总结 第56-57页
·展望 第57-58页
参考文献 第58-62页
致谢 第62页
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