土木工程系成立于1991年，现设有土木工程四年制本科(下设矿山建设工程、交通土建工程、工业与民用建筑、岩土工程四个方向)和新批建筑学(五年制)两个专业，目前在校学生682人。其中矿山建设方向1995年被列为原煤炭部重点学科，是我院创办最早的一个专业，已有40多年的办学历史，迄今培养出2000多名本、专科毕业生。我系现有岩土工程和结构工程两个硕士学位授权点，岩土工程专业1981年开始招生，共培养硕士研究生16名。结构工程1999年被列为安徽省重点学科。
我系现设有岩土与地下工程、工程结构、建筑施工与管理、交通土建工程四个教研室，地下工程结构(部批)和制冷应用技术两个研究所，以及矿山建筑与岩土工程、地下工程结构、建筑材料、院CAI中心四个实验室，一个资料室。并成立了建筑工程设计室、爆破技术公司、建设工程试验室和工程监理事务所四个注册单位。
全系现有教职工48人，其中教授7人，副教授9人，高级工程师2人，讲师8人，工程师9人，形成了一支业务素质高、学术梯队合理的师资队伍。
长期以来，我系坚持科研为生产服务的宗旨，大力开展科学研究工作，在深表土井壁结构，深井冻结技术，软岩支护，爆破工程等方面取得了丰硕成果，形成了自己的特色。其中一些科研成果达到了世界先进水平，为解决我国煤矿建设中一些重大技术难题，发展我国煤矿事业作出了应有的贡献。
1994年以来，我系发表学术论文300多篇，科研成果获国家科技进步二等奖1项，煤炭部特等奖1项，省、部级二等奖5项，三等奖4项，省高校科技进步二等奖3项，市科技进步二等奖和三等奖各3项，获直接经济效益达8000万元以上。我系连续3年荣获院科研工作年度综合考评第一名，并于1995年被评为 “淮南市科技兴市先进集体”。已先后有9人享受政府特殊津贴。