环境与能源工程学院是在北京工业大学原化学与环境工程学系和热能工程学系的基础上经学校批准，于1999年1月组建而成的。目的是为了适应当今世界环境与能源密切结合、相互影响、共同发展的大趋势，顺应北京市经济建设与环境治理协调发展的大方向，贯彻学校“立足北京、依托北京、服务北京”的办学定位指导思想，更加有效地为北京市培养经济建设所急需的、面向21世纪的、化学、环境与能源工程方面的复合型人才。学院覆盖了环境科学与工程、动力工程与工程热物理、化学与化工等多个学科领域。学院设有环境能源技术研究所、环境工程研究所、化学化工系、环境科学系、汽车工程系、制冷与低温工程系及基础化学实验中心。学院拥有教育部“传热强化与过程节能”重点实验室(同时也是北京市“传热与能源利用”重点实验室)和北京市“水质科学与水环境恢复工程”重点实验室。环境工程是北京市重点学科。
学院拥有环境科学与工程一级学科博士学位授予权，热能工程、环境科学、环境工程和应用化学4个二级学科博士学位授予权，环境科学与工程博士后流动站;化学工程与技术一级学科硕士学位授予权及环境科学、环境工程、热能工程、物理化学、制冷及低温工程、化学工程、化学工艺、生物化工、应用化学、工业催化10个二级硕士学位授予权，以及环境工程和动力工程2个工程硕士专业学位授予权。目前，学院有教职员工共123人，其中教授25人，博士生指导教师17人，副教授与高级工程师41人，具有博士学位的教师61人。学院研究生总数达到395人，其中博士生74人，硕士生253人，工程硕士68人。
学院开展多层次的科学研究工作。在搞好基础研究的同时，还优先支持环境与能源高新技术的研究与发展，推进科学研究成果的产业化进程。目前，学院正在主持多项国家和省部级科学研究项目，包括：国家“863”项目、国家“973”项目、国家自然科学基金项目(其中包括2项重点项目)、国家教育部项目、国家科技发展攻关计划项目等。2006年，学院科研到校经费达2300万元，在学校名列前茅。
学院在污水脱氮除磷处理技术，SBR法污水处理智能控制技术，活性污泥法系统的过程控制技术，仿生催化剂的分子设计、合成及催化氧化新技术，哈龙替代等绿色化学品的合成及应用技术，环保型涂料及粘合剂，富氧膜及膜分离技术，环境电化学材料与技术，地源热泵技术，空调清洗技术，太阳能纳米光催化技术，燃料电池理论与技术，汽车尾气净化技术，稀土负载性催化剂及纳米催化剂，中常温蓄热技术、可再生能源与可持续建筑物技术，环境催化，大气环境容量，环境质量全面达标规划，环境监测与分析，环境污染控制化学，大气污染控制技术等方面取得重要成果并在科技成果与技术产业化方面取得重要进展。
学院一直注意加强国际学术交流与合作，正在主持1项国家自然科学基金国际重大国际合作项目和多项国际合作交流研究项目。目前与美国、加拿大、英国、日本、俄罗斯、澳大利亚、德国、荷兰、挪威、瑞典、芬兰、韩国和新加坡等多个国家的大学和研究所进行了人才合作培养及科研合作工作。