藏学研究院是从1951年9月建立的藏语言文学教研室发展、扩建后，于2000年9月成立的。藏语言文学专业是中央民族大学起家专业之一，也是中央民族大学传统学科之一。1951年6月，中央民族学院成立，为了适应和平解放西藏和其它藏区工作的需要，同年9月由我国藏学的奠基人、著名藏学家于道泉教授亲自筹办，成立了藏语言文学教研室，藏语言文学教研室后来归属于1952年成立的中央民族学院少数民族语言文学系（简称民语系）；根据上级指示，1981年在中央民族学院成立了全国第一家藏学研究所；1986年6月，民语系分为民语一系、民语二系、民语三系，藏语言文学专业属民语一系；根据发展，1993年3月，学校决定将藏语言文学专业从民语一系分出，与藏学研究所合并成立了藏学系，是当时全国民族院校唯一的藏学系，2000年9月成立藏学研究院。藏学研究院的诞生，标志着我国藏学的研究和教育事业又进入了一个新的阶段，她以藏语言文学专业为主，培养精通藏汉两种语言的藏学应用型人才，同时瞄准国内外藏学研究的前沿，对藏族历史、政治、文化、艺术、哲学、宗教、经济、教育等领域进行全方位的挖掘、整理和研究。
经过半个多世纪的发展，今天的藏学研究院已经成为一个以本科教育为主，同时大量培养博士研究生、硕士研究生、研究生课程班等多层次、多规格的高级藏学人才的培养基地和藏学研究基地。半个世纪以来，藏学研究院已为国家培养了一大批各个层次的藏学专门人才，有的已成为西藏地方各级领导人才，也有的已成为国内外藏学界的知名专家和学者。
藏学研究院下设藏学系和藏学研究所，本科专业为藏语言文学；硕士研究生有藏语言文学、藏族历史和藏族宗教文化三个专业；博士研究生根据导师的专业方向招生。学院设有语言教研室、文学教研室和综合教研室三个教研室，另外还设有大藏经与藏传佛教研究室。管理机构有本科教学工作办公室、研究生教学工作办公室、学生管理办公室、党团办公室、行政办公室等。
藏学研究院拥有一个二级学科博士点，一个硕士点（三个方向）。现有在校本科生166人，硕士研究生75人，博士研究生24人，留学生6人。
藏学研究院师资力量雄厚，现有专兼职教师25人，在岗专任教师共有15人，其中教授6人，副教授6人，讲师3人，博士生导师9人（包括两位外聘教授），硕士生导师5人，教师中博士2人，在读博士2人。
藏学研究院是国家“211工程”重点建设的学科和教学单位，承担“211工程”科研项目2个，此外还承担了其它国家级、省部级科研项目。