南方医科大学基础医学院的前身为原第一军医大学基础部，成立于1951年，2005年6月随学校移交广东省后更名为南方医科大学基础医学院。
学院下设4个系、8个教研室、1个研究所、1个实验教学管理中心。现有2个博士后科研流动站、2个一级学科博士点、8个二级学科博士点, 3个一级学科硕士点、11个二级学科硕士点；拥有1个国家重点学科、1个国家重点(培育)学科、2个“长江学者”特聘教授岗位学科，3个广东省重点学科，1个教育部重点实验室，5个广东省重点实验室，1个广东省创伤救治科研中心，1个广东省国际合作基地，1个广东省司法鉴定中心等一批处于国内先进水平的科研基地和实验技术平台。
学院现有教职工216人，其中教师160人，技术人员56人。专任教师中，有正教授46人、副教授40人；博士生导师53人、硕士生导师33人；具有博士学位的教师占80%以上。有国家级教学团队一个，拥有中国科学院院士1名，中国工程院院士1名；国家级教学名师2人，全国模范教师和全国优秀教师3人，“长江计划特聘教授”3人，973项目首席科学家1人、国家杰出青年科学基金获得者3人、享受政府特殊津贴者16人。 先后有20余人次获中国青年科技奖、“新世纪百千万人才工程”国家级人选、广东省科学技术突出贡献奖、广东省丁颖科技奖、南粤优秀教师等荣誉。2009年被评为全国教育系统先进集体。
学院承担全校各学制、各专业、各层次的基础课、专业基础课和专业课教学工作，开设了101门课程，每年承担近5万学时的教学任务。开设了基础医学、生物信息学、医学实验技术及病理学4个专业，现有本科学生400多名。目前在读博士生100多名、硕士生200多名，在站博士后人员7人。还承担了国内访问学者和进修学员的教学任务，组织举办多种类型的继续教育项目。建有国家级实验教学示范中心，出版了一系列高质量的专业教材，参考书及辅导教材。教学改革不断推进，在应用现代技术开展课程改革、实验课程教学研究以及教学科研结合培养创新人才等方面具有一定特色，教学质量稳步提高，先后获省部级优秀教学成果奖9项，有国家精品课程2门，国家级双语教学示范课程1门。
建有 “转基因和敲基因技术”、“蛋白质组学”、“斑马鱼模式生物”、 “组织工程”等多个高新技术平台，在临床应用解剖学、鼻咽癌及大肠癌发生与转移机理、休克微循环、细胞信号转导、神经元凋亡机制、听觉神经机制及可塑性、地中海贫血等领域具较大的学术影响。“十一五”以来，先后承担各类课题近200项，获得经费七千余万元。主持国家自然科学基金重点项目5项、“863”项目1项、“973”分题2项、教育部"长江学者和创新团队发展计划"项目 1项；作为第一完成单位先后获得省部级以上科技成果6项，其中获广东省科学技术突出贡献奖1项，广东省科学技术一等奖3项、二等奖2项。发表论文1000余篇，其中ＳＣＩ收录论文140余篇。
学院先后和美国、英国、德国、法国、加拿大、日本、新加坡、香港等国家和地区高等院校、科研院所建立了长期合作关系，主办有《中国临床解剖学杂志》等国家级学术刊物，为学院发展创造了良好的学术交流与合作的环境。