1．国家级重点学科
人体解剖学、微生物学、航空航天医学、口腔科学（口内）
2．国家“211工程”重点学科建设项目
神经科学、医学分子生物学、航空航天医学、战伤与创伤外科学、口腔科学、肿瘤生物诊疗学、微生物学与感染性疾病防治基础（链接到“211工程”效益）
3．国家“长江学者奖励计划”特聘教授岗位学科
神经生物学、生物化学与分子生物学、人体解剖学、病理学、航空航天医学、内科学（消化）、内科学（传染病）、外科学（骨外）、外科学（神外）、口腔基础医学、口腔临床医学
4．国家卫生部临床药理基地
西京医院、秦都口腔医学院
5．国家“863”西安细胞工程中心
6．中国癌症基金会肿瘤医学研究所
7．博士后流动站
基础医学、生物学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、生物医学工程
8．博士学位一级授权学科
基础医学、生物学、口腔医学、生物医学工程
９．全军医学研究所
神经科学研究所、基因诊断技术应用研究所、心血管病研究所、消化内科研究所、骨科研究所、骨肿瘤研究所、神经外科研究所、眼科研究所、口腔医学研究所
1０．全军医学专科中心
传染病诊疗、神经内科、胸外科、微创神经外科、整形外科、耳鼻咽喉科、皮肤病、中医内科、影像医学、优生优育儿科、优生优育围产医学、优生优育儿童牙科
1１．全军医学重点实验室
神经生物学、分子生物学、基因芯片、分子病毒学与分子免疫学、军队流行病学、消化内科学、骨肿瘤、口腔内科学、军事医学电子工程、新概念武器损伤与防治、军事医学心理学
1２．全军重点建设学科（“三重”）
航空航天医学
1３．全军重点建设实验室（“三重”）
医学分子生物学
1４．全军临床药理基地
西京医院
1５．重中之重学科的全军医学研究所
基本建成：秦都口腔医院口腔医学研究所
重点建设：西京医院心血管病研究所、全军消化内科研究所、全军骨科研究所、全军神经外科研究所、唐都医院骨肿瘤研究所