21世纪，人类将面临空前未有的全球性环境挑战。环境科学已成为世界上引人注目的学科。保护环境是中国的一项基本国策。为了适应我国环境科学和环境保护事业迅猛发展的需要，发挥我校综合大学的办学优势，培养一流的环境科学人才，于1996年新建了环境科学与工程系，目前环境科学与工程系可授予硕士、博士学位。环境科学与工程系有一支高学历、年轻化的教学和研究队伍，现有在册教职员工共65人，其中教授20人(其中博士生导师13人)，副教授21人，讲师20人;聘请了8名国内外知名专家学者任顾问教授和兼职教授。
环境科学专业包括环境化学、大气环境、环境监测、环境生态、环境规划与管理6个专业方向。环境科学专业以培养基础扎实、知识面广、事业心强、具有广泛适应性的科研、管理和教学的人才为目标。强调基础教学和实践动手能力以及良好的科学素质的培养。注重扩大学生的知识面，使学生对与本专业相关的学科、高新技术的发展及应用前景有所了解，具有一定的科学研究和技术开发能力。毕业生适宜从事环境保护、环境监测、三废治理、环境质量评价、环境管理、卫生防疫和商品检验等方面的工作。毕业生适应性强，就业的选择余地大。目前每年招收60余名本科学生和50余名研究生(其中博士生约15名)。
目前我系正根据学科建设发展方向并按照当前国家优先发展的高新技术产业化重点领域指南所确定的方向，结合原有的基础和特点进行科研开发，同时加强与国内外企业的产学研合作。当前涉及的科研领域主要有：大气环境、污染控制、清洁生产、环境材料、环境规划与管理、城市景观与生态等。近几年来我系成功申请国家自然科学基金资助项目58项，其中重点项目2项，国家杰出青年基金(B类)2项，以及1项重大子项。还获得科技重大专项课题1项， “973”项目课题2项，“973”预研项目1项，“863”项目子课题1项，“863”探索类项目和国家科技部“十一五”科技支撑计划项目11项，福特基金1项，日本万国博览纪念基金项目1项，国家社科基金重大项目2项。完成国家自然科学基金项目9项，申请专利61项，已获批准的专利有23项。近几年来，还获得教育部科技进步二等奖1项， 自然科学一等奖1项，高等学校科学研究优秀成果奖科技进步二等(推广类)1项，上海市科技进步奖二等奖1项、三等奖3项，上海市优秀发明选拔赛金奖1项，上海市决策咨询奖1项。2006年科研经费到款首次突破千万大关，达到1173万元 ;2007年科研经费第二次突破1千万，为1325.9万元;2008年科研经费到款2182.5万元。。2009年，我系共得横向、纵向和文科课题经费共计1328.45万。2010年，我系获得的理科横向、纵向和文科课题经费共计2328.33万。环境科学与工程系目前已与美国、日本、德国、英国、加拿大、挪威、丹麦、瑞典和芬兰等十多个国家开展科学合作与学术交流。