环境科学与工程学院前身可追溯到上个世纪七十年代，在著名水利科学家张书农先生的倡议下，经国家水利部批准成立的河海大学环境水利科学研究所。 1988年成立河海大学环境工程系;1994年与当时的环境水利科学研究所合并成立环境科学及工程学院;1995年与水资源水文系合并成立水文水资源及环境学院;2002年调整为环境科学与工程学院。经过二十多年的建设发展，环境科学与工程学科已经成为全国实力较强和特色明显的学科之一。
学院设有环境工程系、市政工程系、水力学与流体力学中心、化学中心、环境水利科学研究所、固体废弃物研究中心、环境工程研究所、环境科学与工程实验中心等机构，同时负责建设和管理教育部浅水湖泊综合治理与资源开发重点实验室。
学院拥有环境科学与工程一级学科博士学位授予权，环境工程、环境科学、景观生态学、市政工程、水力学及河流动力学等5个二级学科博士学位授予权，环境工程、环境科学、景观生态学、市政工程、水力学及河流动力学、流体力学等6个硕士点，并设有环境科学与工程一级学科博士后流动站，环境工程为江苏省重点建设学科。
学院现有两个本科专业即环境工程专业、给水排水工程专业。
全院现有教职工70名，其中：“高等学校教学名师”1名，博士生导师11名，教授(含研究员)19名，副教授(含副研究员)12名，具有博士学位教师23人。
在校本科生800余名，博士、硕士研究生310余名。
近五年来，学院深入开展教育教学改革和科学研究。获得国家级教学成果二等奖;国家级精品课程;“环境工程”专业被列为省级特色专业建设点。学院先后承担了国家“973”“863”重大科技项目、国家自然科学基金项目和省部级直接服务于国家经济建设的重大科研任务等200余项，年均科研经费2000余万元。部分研究成果处于国际先进水平和国内领先水平。在国内外具有明显的学科优势和广泛影响，获得国家级、省部级以上奖18项，出版专著与教材20余部，发表学术论文300余篇。