哈尔滨工业大学食品科学与遗传工程研究院创建于2003年5月，是哈尔滨工业大学所属的二级教学、科研单位，其前身是哈尔滨工业大学糖业研究院。自1999年整体并入哈工大以来，糖业研究院针对食品科学与工程学科的发展前沿，充分利用以往甜菜制糖领域的研究经验，开始了以研究型食品科学与工程学院为发展方向的第二次创业。在学校领导的亲切关怀和支持下，全院教职员工积极进取，团结奋斗，艰苦创业，在学科建设、人才培养、科学研究和教书育人等方面取得了一定成绩。四年来，先后有18人进入生物、食品、环境科学相关专业攻读硕士学位，3人进入生物科学相关专业攻读博士学位，系统地完成了自有人才的培养。同时，根据学科建设的发展规划和总体目标，加大了高水平人才的引进力度。目前已形成一支学历、年龄、职称、学缘结构日趋合理，学术水平较高的教学与科研队伍。现有教职员工88人，其中博导2人，教授4人，副教授27人，讲师18人。具有博士学位6人，硕士学位17人。拥有办公和科研用房15400平方米，家属宿舍25000平方米，各类仪器设备1300台套，图书馆藏书14500余册，固定资产原值3000万元，现有占地面积195公顷。
食品科学与遗传工程研究院的研究领域囊括了食品生物技术、食品机械、制糖设备与自动控制、食品营养与安全检测、食品化学、食品工程、生物化工、乳品科学、遗传育种、作物栽培与良种繁育技术、生态园林等专业。食品科学与工程、食品营养与安全检测、生物化工、作物遗传育种专业是我院的特色专业，食品科学与工程业务范围主要是粮食、油脂和果蔬、乳品、饮料等食品的加工、保藏工艺研究、工程设计、新产品开发、资源综合利用。食品安全与分析检测业务范围主要是各类食品质量(营养、卫生、安全、风味)的分析检验、品质控制和科学研究等。
我院在建设和发展过程中，始终重视党建和思想政治工作，不断加强领导班子的自身建设，注重经常化的政治理论学习，求真务实，开拓进取。充分发挥了党组织的政治核心及党支部的战斗堡垒作用，注重党支部建在研究室及党员先锋模范作用的发挥，积极在第一线发展党员，使一批年轻教职员工脱颖而出，成为教学、科研工作的骨干力量。
四年来，我院共完成国家、省部级重点攻关项目、自然科学基金、农业产业化、市级科研项目45项，获省部级科研、教学奖励18项、国家发明专利9 项。在国内外发表论文200余篇，出版专著、教材26部，其中有5篇论文被SCI、EI收录。此外，还完成了多项横向技术合作。2003年首获国防科工委批准的生物化工、遗传学两个硕士学位授予点的建成，以及学科带头人的不断引进，为以糖业研究院为主体建设食品科学与遗传工程研究院奠定了坚实基础。截止到 2003年11月，我院教师共培养博士生5人、硕士生45人，为我国研究生的培养教育作出了应有的贡献。
在现有两个硕士授权点基础上，我院力争在2005年以前申报获得食品科学、粮食油脂及植物蛋白工程和农产品加工及贮藏工程三个二级学科硕士学位授予权。我院与黑龙江东方学院联合办学所开设的食品检测技术与管理专业两年招生82人，将为食品企业、科研和管理部门培养一批德才兼备的技术之才。
我院与国内外同类学校或科研单位始终保持着较广泛的学术交流，先后选派教学、科研人员30多人次赴美国、俄罗斯、加拿大、匈牙利、墨西哥、瑞典、丹麦、日本等国进修或学术交流，有力地促进了学术活动的开展和学术水平的提高。
食品科学与遗传工程研究院的机构设置为：院办公室、财务科、产业开发办、物业管理中心、食品营养与安全检测中心、食品工程研究室、食品化学研究室、生物化工研究室、乳品科学研究室、遗传育种技术研究中心、农林技术研究中心、制糖工程与技术服务中心、生态园林研究所和柳园饮品有限责任公司。
所附设的全国性服务部门与机构有：全国甜菜糖业标准化中心、国家轻工业局甜菜糖业质量监督检测中心、全国甜菜糖业学会秘书处。编辑出版的《中国甜菜糖业》是我国唯一公开对外发行的甜菜糖业期刊。《生物信息学》从2004年起将对外公开出版发行。
在21世纪，食品科学与遗传工程研究院将进一步解放思想、开拓进取、抓住机遇、加快发展，充分发掘哈工大的学科交叉优势和地处黑龙江省的地理资源优势，在培养食品科学领域的高级技术人才、深入开展科学研究、加快科技创新等方面作出新的、更大的贡献。