由于地处湘鄂渝黔四省边区，为土家族、苗族等少数民族的聚居中心，吉首大学自1958年建校之初便十分重视民族文化研究。吉首大学人类学民族学研究所前身为民族文化研究所，创设于1982年。1998年调整机构和研究方向后，建立了民族学研究所，隶属于政法学院 。
本院是一个以研究为主，同时承担本科教学任务的科研教学机构。2001年民族学学科被列为湖南省重点学科，2002年吉首大学成为湖南省民族学研究基地。2003获得民族学专业获硕士学位授予权，2004年正式招生。2004年吉首大学进行教学科研机构改革，民族学研究所从政法学院独立，并改名为人类学民族学研究所。与原属政法学院的历史系系所合一，保留各自名称和编制，组建统一的领导班子，规划系所的教学和科研工作。