1984年南京师范大学计算机学科开始正式招收计算机专业的本科生。1994年6月，以数学系计算机科学教育专业为基础划出部分教师单独建立计算机科学系。1999年5月计算机科学系与数学系、计算中心等单位合并成立数学与计算机科学学院。 2009年4月，学校决定拆分数学与计算机科学学院，成立计算机科学与技术学院。
目前计算机科学与技术学院下设4个系和4个中心，包括智能技术系、计算机软件系、网络与信息安全系、管理科学与工程系、计算机中心、计算机专业实验教学中心、江苏省信息安全保密技术工程研究中心、南京市管理信息化工程中心。
计算机科学与技术学院现有教职工95人，其中，教授10人(含博士生导师5人)，副教授及博士 27人，硕士生导师20人，讲师29人。入选江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人1人、校级教学名师1人、校级优秀中青年骨干教师6人。学院具有“计算机应用技术”、“计算机软件与理论”、“管理科学与工程”3个硕士学位授予权和“计算机技术”工程硕士授予权。“计算机应用技术”和“管理科学与工程”两个学科被评为校级重点学科。通过人才引进和自身发展，建有一支结构合理，实力雄厚，团结协作，思想活跃的教学与科研队伍，在数据挖掘及应用、智能技术及应用、密码学与信息安全、分布式协同计算、管理决策支持等方向形成了明显的特色和优势，获得一系列科研成果，部分成果达到国际或国内先进水平。计算机学院参与国家“十五”“211工程”重点学科建设，目前正在主持国家“十一五”“211工程”重点建设项目 “新型智能信息处理技术研究”，主持国家自然科学基金项目11项、863项目2项、江苏省自然科学基金项目以及其他省部级项目12项，承担多项横向科技开发项目，科研经费总额达到3000多万元。“医院门诊自动分診导医信息管理系统”被成功应用于北京中国人民解放军总医院、中国人民解放军281医院、北京小汤山医院、无锡市人民医院等国内十多家大医院，该系统在国内医疗行业树立了一个良好品牌。近5年计算机学科在IEEE Transaction、计算机学报、软件学报、电子学报、自动化学报、计算机研究与发展等重要核心期刊以及国际重要学术会议发表论文400多篇，SCI/EI收录论文约180篇，出版教材40多部，其中9部教材被列为国家“十一五”规划教材，获得省级科技进步奖1项，南京市科技进步奖二等奖2 项，江苏省高等教育教学成果奖二等奖2项，省级精品课程1项，国家发明专利1项，实用新型专利20多项，软件著作权10多项。我院计算机实验教学中心被评为江苏省实验教学示范中心。“计算机软件技术基础”教学团队被评为校级优秀教学团队。
目前学院设有“计算机科学与技术”和“信息管理与信息系统”两个本科招生专业。计算机专业培养贯彻“软硬结合，注重应用”的宗旨，根据计算机人才市场需求，学院将计算机科学与技术专业设置为4个方向，即：师范方向、软件方向、网络安全方向、嵌入式系统方向，学生历年就业率超过98%。
学院全体职工团结一致，同心同德，开拓创新，求真务实，为学院的人才培养、科学研究、学科建设等各项事业而努力奋斗!