在滔滔的扬子江畔，在巍巍的紫金山下，坐落着全国著名重点大学、国家211工程重点建设院校——南京理工大学。自动化系作为南京理工大学的主要院系之一，致力于创造一流的学科专业，一流的师资队伍，一流的创新人才，不断开拓发展着令人可喜的新局面。
自动化系是在中国人民解放军军事工程学院炮兵工程系的随动和指挥仪专业的基础之上，经过了专业的不断改造，学校院系间的不断调整，于1984年正式成立了华东工学院自动控制系，1996年改名为自动化系。
自动化系是一个教学层次完备，教学条件先进，教学质量高的系。拥有控制科学与工程一级学科博士学位授予权(下含控制理论与控制工程、系统工程等五个博士点)及博士后流动站和相应的硕士学位授予权，其中一个是国家级重点学科，两个是省部级重点学科。设有自动化、电子信息工程、电气工程及其自动化三个本科专业。现有在校本科生1400余人，硕士研究生400余人(含工程硕士)，博士研究生80余人。
自动化系有教职员工80余人，其中教授15人、副教授22人。系下设有教研室5个，研究室1个，校电力电气实验中心1个、5个学科和专业实验室。
自动化系科学研究、教学研究成果丰硕，近年来承担了国家自然科学基金项目、国家863高技术项目、国家型号项目、国防科技预研项目、横向科技项目200余项，获国家级、省部级以上各类奖项60余项;发表学术论文1000余篇，有近百篇论文被SCI、EI、ISTP收录。
自动化系学术氛围浓厚、教风严谨、学风踏实，在各项教学环节中以培养高素质创新型人才为目标，注重理论与实际联系，注重强电与弱电结合，注重硬件与软件并重，在历次江苏省数学、物理竞赛以及全国数模竞赛中多人次获奖。学生就业形势好，考取研究生比例高。目前，自动化系师生正以崭新的面貌迎接新世纪的挑战，不断开拓进取与时俱进，为再创辉煌而努力奋斗。