南京航空航天大学流体力学学科的发展始于建校之初，在六十年代和七十年代相继建成了AT-1高速风洞和3米低速风洞，成为当时国内高校唯一的配套大型风洞设备，也成为本学科点重要的实验基地。1980年本学科点成为首批具有硕士和博士学位授予权的学科。1988年被评为国家重点学科。在老一代学科带头人，首批博士生导师戴昌辉、彭成一、杨岞生、张世英教授等的带领下，开展了实验、理论、计算流体力学和内流空气动力学的研究工作。近几年来，在非定常流体力学的研究方面也形成了鲜明的特色。目前本学科拥有教师和科研人员40多人，其中教授14人(博士生导师13人)、副教授14人。在教师和科研人员中具有博士学位的达到22人。近五年本学科点科研经费到款5000多万元。承担国家自然科学基金13项，国防重点预研项目二十余项，以及其它重要国防和民用项目100多项。1996年后，获国家发明奖2项，国家科技进步奖2项，国防科技进步奖3项，省部级科研成果20余项。近五年来，在国内外重要刊物发表论文200多篇。并有3项教学成果获江苏省教学成果奖。本学科点目前已经培养博士近百名，硕士300名。他们中许多人已经成为国内外知名专家，其中有航空工业总公司十佳青年1名，江苏省跨世纪人才工程和青蓝工程的青年学术带头人3名;很多校友走上重要的学术和领导岗位，包括将军、研究所所长、国外著名大学教授等。本学科点在有航空特色的流体力学方面具有雄厚的实力，人才培养和科学研究方面所取得的成就，在国内外产生了广泛的影响。积极地参与国际合作与交流。多次举办国际学术会议。同德国宇航研究院、法国达索飞机公司和俄罗斯、美国、英国、新加坡等国家的有关机构保持长期的合作研究关系。
本学科已形成5个具有明显特色和优势的研究方向，它们是：1、计算流体力学，该方向在边界元与有限元方法在可压缩流计算中的应用，非结构网格生成技术，复杂外形飞行器的CFD计算等方面在国内处于领先;2、非定常空气动力学，该方向在零质量射流的研究及其在流动控制中的应用，过失速大机动的实验研究，跨音速动态气动试验声环境研究，直升机旋翼流场的实验与计算研究等方面在国内处于领先地位;3、实验流体力学，在风洞洞壁干扰研究、风洞试验与测试技术研究、旋流模拟的实验研究、矢量喷管内流气动研究、排气引射器研究中具有特色。同时承担了几乎所有国防重点飞机型号和部分导弹型号的相关试验任务和许多重要的民用流体力学的实验项目;4、内流空气动力学，在飞行器推进系统进、排气内流研究，以及航空发动机进发匹配研究等方面居国内领先地位。叶轮机械内部复杂流动、损失机理和叶型设计理论的研究等叶轮机械非定常流研究方面形成了叶轮机械气动热力研究方向的特色;5、飞行力学，本方向在飞行品质和非线性飞行力学研究方面一直处于全国研究前列，最早在国内开展飞机极限环振荡、分支和突变理论在飞行力学中的应用研究，特别是在非线性飞行力学领域的理论研究方面处于国内领先。
本学科在今后五年中，将拓展新的研究方向(例如生物流体力学研究、微机电系统中的流体力学问题等)，力争获得国家在国防和国民经济建设中的重大科研项目，使人才培养，科研设备建设，科研项目和成果走上良性循环的轨道，进一步加强同国内外科研机构的学术交流，使本学科成为国内一流学科，并在国际上具有广泛影响、最终成为国际一流的重点学科。