控制科学与工程一级学科博士点包含导航制导与控制、控制理论与控制工程、模式识别与智能系统、检测技术与自动化装置和系统工程五个二级学科博士点。南京航空航天大学导航、制导与控制学科1981年获准为硕士学位授予点;1986年获准为博士学位授予点;1998年获准为控制科学与工程一级学科博士后流动站;1994年和2001年本学科二次被评为江苏省级重点学科，1998年获得江苏省优秀学科梯队的称号，2000年6月在江苏省重点学科检查中获得了优秀级的成绩。2001年8月在国家重点学科评审中，我院导航制导与控制学科进入了预审名单，这标志着本学科的建设已在全国取得了较大的影响。 2002年本学科被评为国防科工委重点学科。2003年9月获准为控制科学与工程一级学科博士学位授予点。
本学科点现有教授20名，副教授22名。博士导师17名，其中5名不到45岁。60%的副教授年龄小于40岁，博士学位者已达到40%，硕士以上学位已超过80%.本学科有3名教师入选江苏省333跨世纪学术、技术带头人培养工程，部级有突出贡献的中青年专家、江苏省优秀科技工作者、江苏省优秀研究生导师、省部级优秀青年教师等多名。正在形成一支以老带新，年轻人迅速成长、朝气蓬勃、学术思想敏锐、教学科研成果丰硕，不断开创新局面的学科梯队。
本学科目前年招收硕士、博士生130余人，在研究生培养过程中，不仅注重理论水平的提高，而且重视工程实践能力的培养。研究生不仅参与基金项目、横向课题，而且参与国家重点科研项目和型号研制任务，在真实的科研环境中得到锻炼，达到了育人、科研双丰收。毕业的硕士生、博士生在国防和国民经济建设中发挥了重要作用。
本学科胡寿松教授主编的教材《自动控制原理》是国内权威性控制理论教材之一，先后获国家优秀教材奖和国家级优秀教学成果二等奖。胡寿松教授获2003年国家级教学名师称号，自动控制原理课程被评为2003年度江苏省精品课程，并推荐为国家级精品课程。
本学科主办多次国际学术会议，其中亚太地区控制与测量国际会议已经连续举办四届;目前正在筹备2004年8月在成都举行的第六届亚太地区控制及测量国际学术会议。2002年10月与香港理工大学合作举办了首届导航技术与智能交通研讨会，邀请了三位院士和美国、新加坡等华裔学者参加会议。近年来邀请多名外国学者、专家来学科点讲学交流，并与美、英、德、法、俄和香港的近十所大学建立了合作交流与研究关系。
本学科在无人机飞行器控制和导航系统、低空突防技术、飞行器智能自修复、高精度转台、多传感器惯性组合导航系统研究、现代测控系统集成技术及网络虚拟仪器技术研究、雷达成像精确制导研制等方面处于国内领先水平。九五期间完成科研项目132项，总经费3500余万元，其中国家级项目36项，省部级项目82项;获国家级科技进步奖2项，省部级科技进步奖34项。在国内外核心刊物发表论文400多篇，著、译作12部。先后完成多项重大国防型号任务，率先研制成功新型无人机自主导航全数字飞行控制系统，使我国无人机飞行控制和导航技术跻身于国际先进行列，受到军委领导的好评，并获国家级科技进步三等奖;同时，应用国防高新技术，完成了多项民用科研项目，为国民经济发展作出了重要的贡献。
今后本学科建设的主要思路和目标是：立足本学科的五个主要研究方向，组成一个集理论研究、应用开发为一体的教学科研基地。坚持学术前沿与应用开发相结合、研究与生产相结合、学科综合与学科交叉相结合的学科发展特色。取得一批国内领先、国际先进的科研成果。为国防建设、经济发展作出重要的贡献;争取培养出国内公认、国际知名的学科带头人，为国家现代化建设培养一批德、智、体综合素质处于全国同类学科前列水平的高层次人才;努力争取在十五期间建立一个国防科技重点实验室;力争使导航、制导与控制学科成为国家重点学科;力争使本学科的教学和科研水平达到世界先进水平。