我校具有系统科学一级学科硕士学位授予权，分系统分析与集成和系统理论两个硕士专业，其中系统分析与集成硕士专业始建于1998年，是学校的重点学科之一，主要研究方向包括复杂系统理论与应用、计算机控制与信息技术、大系统建模仿真与优化，经济系统分析、模式识别与智能控制、信息系统分析与集成、智能测试系统等。现有教授8名，副教授11名，其中博士生导师2名。已经培养出硕士研究生96名，现有在读研究生156 名。近年来主持有国家自然科学基金、江苏省六大人才高峰、省科技发展计划、省科技攻关等省部级以上项目10余项，获得国家专利5项，省部级以上奖励10余项，出版教材及专著10余部，发表在国内外重要刊物上的论文500余篇，其中被SCI、EI、ISTP等收录100余篇。
本专业学制3年。主要课程有：矩阵论、现代分析、优化理论与方法、模糊控制技术、系统辨识与自适应控制、随机控制、专家系统与人工智能、系统科学与工程、非线性理论与控制、嵌入式系统设计、系统模拟与仿真、计算机应用系统设计、模式识别、信息系统分析与设计、现代检测技术与信息处理等。硕士学位获得者可在科研院所、高等院校从事本专业或相近专业的科研或教学工作，可在自动化、IT等行业，社会、金融等领域从事系统建模、分析、控制、设计、开发和管理等工作。