学校学位与研究生教育始于1941年，是国务院学位委员会批准的国家首批有硕士学位授予权、第二批有博士学位授予权的研究生培养单位。学校现有7个国家级重点学科，2个国家重点培育学科，25个省部级重点学科，16个博士学位授权点一级学科，28个硕士学位授权点一级学科，覆盖了农学、理学、工学、经济学、管理学、法学、教育学、历史学、文学、哲学、医学等11个学科门类。此外，还有工程、农业推广、兽医等11个硕士专业学位和高校教师、中职教师在职攻读硕士学位授权点，初步形成了多渠道、多规格、多层次的研究生培养模式。学校现有两院院士2人，双聘院士11人，长江学者奖励计划特聘教授1人、讲座教授3 人，国家杰出青年基金获得者5人，国家百千万人才工程入选者12人，教育部跨世纪优秀人才2人，新世纪优秀人才支持计划入选者71人。博士生导师370人，硕士生导师979人。73年来，培养研究生19341人，毕业生遍布海内外。获全国优秀博士学位论文6篇，全国优秀博士学位论文提名奖7项，陕西省优秀博士学位论文43篇。现有各类在校研究生8962人，其中博士生1799人。
2003年8月教育部批准我校试办研究生院，经过几年的建设和发展，2007年6月教育部正式批准我校建立研究生院。校长孙其信教授兼任研究生院院长。研究生院现设有院办公室、研究生招生处、研究生培养处、学位管理处等四个副处级单位，承担着全校研究生招生、培养、学位授予与管理等工作。
在建设产学研紧密结合、世界一流农业大学战略目标过程中，学校始终以加强学科建设为龙头，以提高研究生培养质量为根本，以培养创新性高素质人才为目标，深入推进招生选拔机制、导师责权机制、投入与资助机制、分流与淘汰机制、培养模式、质量保障体系、研究生教育国际化等创新性改革。
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