石河子大学医学院前身是中国人民解放军第一兵团卫生学校，1949年建校于甘肃天水，1949年10月随军进疆，先后经历了新疆军区卫校、兵团医学专科学校、兵团医学院、石河子医学院、石河子大学医学院等几个发展阶段，是国务院学位委员会、教育部批准的首批有权授予学士学位的高等医学院校之一。
石河子大学医学院现设有基础医学系、预防医学系和护理系，开设临床医学、护理学两个本科专业和医学影像学1个本科专业方向，临床医学、护理学、医学影像学、临床检验学、卫生事业管理5个专科专业。现有病理学与病理生理学、生物化学与分子生物学（医）、人体解剖学与组织胚胎学、生理学、流行病与卫生统计学、护理学、外科学、内科学、妇产科学、眼科学及肿瘤学等11个硕士点，7个校级重点学科，2个兵团重点学科，1个省部共建教育部重点实验室。学院有教师107人，其中教授18人，副教授27人。拥有附属医院3所，教学实习医