福建农林大学机电工程学院创建于1958年，原为农业机械系，之后更名为农业工程系、机电工程系，2001年成立机电工程学院，学院现有教职工101人，专职教师65人，其中教授8人、副教授26人，在校本科生、硕士生1800多人。
学院现有机械工程系、生物机电工程系、汽车工程系、电气工程系、电子科学系、物理系和金工实习厂;有三个校级研究所：机械工程及其自动化研究所、汽车工程研究所、农业工程研究所;有机械工程、农业工程两个一级学科硕士点(共计8个二级学科硕士点);有二个工程硕士专业领域：机械工程、农业工程以及农业推广农机化专业硕士;有五个本科专业：机械设计制造及其自动化、车辆工程、电气工程及其自动化、电子科学与技术、工业工程。
学院现负责主持“中国机械设计工程师资格认证”福建省考试培训中心工作;机械设计制造及其自动化专业为国家特色专业建设点，福建省人才培养模式创新实验区;车辆工程专业为福建省特色专业建设点。
长期以来，机电工程学院以机械和电子学科的综合优势，突出农业工程和车辆工程的特色，带动相关学科的应用研究与人才培养。每年承担省部级科研项目和横向课题数十项，科研成果丰硕。学院坚持“培养诚信、负责任的公民与高素质的应用型人才”的办学宗旨和“重视基础、拓宽口径，鼓励个性发展，培养创新能力”的教育思想。制定教学计划力求“培养目标明确，课程体系合理，知识结构优化，专业特色鲜明”，通过改善基础设施，增加硬件设备，优化教学环境，突出系统化工程训练，为全院师生提供了良好的发展平台。
建院54年来，培养了7000多名毕业生，从担任省部级领导到研究院院长、总工程师、企业家、部门负责人，为数众多的毕业生成为各行业的骨干力量。