福建农林大学交通学院的前身为创建于1958年的原福建林学院森林工业系，1984年更名为森林工程系，1996年更名为交通工程系。2000年原福建农业大学与原福建林学院合并组建成福建农林大学，2001年交通工程系更名为交通学院。
学院拥有林业工程博士后科研流动站和林业工程一级学科博士学位授予点，有林业工程和交通运输工程2个一级学科硕士学位授予点，林业工程和交通运输工程2个一级学科专业学位授权点。有森林工程、土木工程、交通工程、交通运输、城市规划、工程管理、物流管理等7个本科专业。学院共建有土木材料与结构、森林工程装备、智能交通监控、汽车电器、城市规划、物流管理、计算机模拟与实训等21个实验室。学院下设交通工程、交通运输、土木工程、森林工程和城市规划等5个系，以及交通工程研究所、永福高新技术研究所、植物纤维新材料研究所等科技服务与研发机构。至今共为社会培养研究生、本专科学生8000多名，包括一大批以外交部副部长宋涛、美国德州农工大学甘建邦教授为代表的杰出毕业生。
学院现有教职员工77人，其中教授12人，副教授17人，高级实验师1人，讲师26人，实验师 4人，助教4人，助理实验师2人;教师中，博士生导师4人、硕士生生导师17人，国务院特殊津贴专家1人，留学归国人员4人，具有博士学位教师13人，具有硕士学位教师32人;在职攻读博士后1人，在职攻读博士学位12人。
学院始终坚持科学研究与本科教学并重的方针。近年来全院教师主持参与国际合作项目2项，国家自然基金6项，国家科技部课题2项，省科技厅重点项目12项，省基金项目14项，省级其它课题100余项，累计科研经费近1000万元，多项成果达到国际先进和国内领先水平，科技成果获省部级科技进步二等奖4项、三等奖34项，鉴定成果30项，科技成果产业化8项，发表学术论文700多篇，其中SCI、 EI、ISTP收录20多篇，已出版专著、教材30多部。承担了100多项横向科研合作课题，如福建省道路客运班线与运力发展“十二五”规划、湖南矮寨特大悬索桥主梁多跨索道运梁架设施工方案、武夷山自然保护区旅游索桥等工程设计，负责福建省40多个城市的道路交通规划、道路交通安全规划、公共交通发展规划等。承担了多项省部级教学改革与研究课题，其中国家级精品课程1门、省级教改项目3项、省级精品课程5门，省级教学名师1人，省级教学团队1个，100 多项校级教学改革与本科教学质量工程项目，公开发表教学研究论文百余篇。我院教师主编或参编出版教材25部。