水文水资源学院前身为1952年建立的华东水利学院水文系;1984年更名为水资源水文系;1995年，学校内部机构调整，水资源水文系与环境科学与工程学院合并，成立水文水资源及环境学院;2002年，调整为水资源环境学院，2007年更名为水文水资源学院。
1954年，著名水文学家刘光文教授等创建了我国第一个水文本科专业，并于1955年招收研究生，是我国第一批培养研究生的学科点。1981年首批获得学士、硕士和博士学位授予权。1988、2002和2007年连续三次被评为国家重点学科。1991 年获世界银行贷款“中国重点学科发展项目”资助，1993年建成水资源开发利用国家专业实验室。1996年列入“九五”“211工程”重点学科建设项目。 1997年，联合国教科文组织通过专门议案，在我校设立UNESCO国际水文水资源及环境培训与研究中心。2001年，批准设立水资源开发教育部重点实验室，2002年列入“九五”“211工程”重点建设项目。
学院设有水文与水资源工程系、城市资源环境系、水务工程系、国际水文水资源及环境培训与研究中心、中德水资源研究所、水文水利自动化研究所、水文水资源研究所、水生态环境研究所、水资源环境实验中心，拥有国家重点学科“水文学及水资源”，具有“水文水资源与水利工程科学国家重点实验室”和“水资源高效利用与工程安全国家工程中心”研究基地，一个博士后流动站，三个博士学位授权点：水文学及水资源、生态水利、城市水务，五个硕士学位授权点：水文学及水资源、生态水利、城市水务、人文地理和自然地理。
学院现有教职工91人，双聘院士4名，教授26名，博士生导师21名，副高22名，具有博士学位者51人。设有“水文与水资源工程”、“资源环境与城乡规划管理”、“水务工程”3个本科专业。2006年水文与水资源工程专业被评为江苏省品牌专业，2007年被遴选为国家第一批特色专业建设点并通过教育部组织的工程教育专业认证，2008年水文专业教学团队被评为国家级教学团队。2000年以来主持与承担1000余项包括国家973计划、863课题、国家自然科学基金、国家科技攻关和直接服务于国民经济建设的科研项目，经费总额2.77亿元，发表论文3000余篇，出版专著和教材30多部，获部省级以上奖51项，参与国际学术交流300多人次，拥有教育部长江学者创新团队。
多年来，学院一直秉承“继承与发展”的方针，注重学术积累，已逐步形成覆盖水文、水资源、水环境及3S技术应用领域的比较稳定的研究方向，有一支理论基础深厚、实践经验丰富的老、中、青相结合的学术带头人和学术骨干队伍，有全国较齐全的水文图书资料和先进的实验研究设施，并与国内外水文水资源领域著名的学术机构建立了良好的合作关系。紧密跟踪与引导学科发展趋势，积极参与解决国民经济建设中的重大水文水资源及环境问题，总体上居国际先进水平。